Der Regen machte auch beim zweiten freien Training der MotoGP am Samstagmorgen in Motegi keine Anzeichen, sich zurückziehen zu wollen. Deswegen hieß es für die Stars der Königsklasse, Regenschutz über die Kombi und raus auf die Strecke. Dort ging es dann die meiste Zeit für die Verhältnisse relativ eng zu, bis am Ende Colin Edwards und Valentino Rossi noch jeweils leicht besser werdende Bedingungen ausnutzen konnten, um sich etwas abzusetzen. 52 Tausendstel trennten Bestzeithalter Edwards (2:01.841) von Rossi. Ganze sechs Zehntelsekunden hinter dem Italiener wurde der normalerweise im Regen besonders starke Casey Stoner Dritter. Der Australier hatte es allerdings vorgezogen, gegen Ende der Session nicht noch einmal alles aus der Maschine, den Reifen und der Strecke zu holen.

Eine gute Regenvorstellung zeigen konnte Jorge Lorenzo, der zwar bereits rund 1,2 Sekunden hinter der Bestzeit lag, aber immerhin Platz vier einfuhr und damit vor Regenspezialist Chris Vermeulen lag. Nicky Hayden mühte sich lange durch die schwierigen Bedingungen und war die meiste Zeit der Session eher am Ende des Feldes zu finden, bevor ihm schließlich der Knoten aufging und er auf Rang sechs nach vorne sprang. Von dort verdrängt hatte er Alex de Angelis, der zwar zu Sturz kam, sich aber nicht verletzte. Ebenfalls gut nutzen konnte Sete Gibernau den Regen. Der MotoGP-Rückkehrer schob sich im feuchten Nass auf Platz acht nach vorne. Hinter dem Spanier waren noch Randy de Puniet und Dani Pedrosa in die Top Ten gefahren.