Da der Regen in Motegi kein Einsehen hatte, wurden kurz nach 15:00 Uhr Ortszeit am Samstag alle Qualifyings abgesagt. Damit werden die Startaufstellungen der einzelnen Klassen anhand der Trainingszeiten ermittelt. Jeder Fahrer wird mit seiner besten Trainingszeit für die Startaufstellung berücksichtigt. Da es nur am Freitagnachmittag trocken war , werden in allen drei Klassen die Startaufstellungen aussehen wie die Trainings-Ergebnisse vom Freitag.

Das bedeutet, dass in der MotoGP Valentino Rossi die Pole Position inne hat und mit ihm Casey Stoner und Jorge Lorenzo in der ersten Reihe stehen. Chris Vermeulen, Colin Edwards und Loris Capriossi stehen in Reihe zwei. Es folgen Andrea Dovizioso, Marco Melandri und Toni Elias in der dritten Reihe.

In der 250er-Klasse hat Marco Simoncelli die Pole, neben ihm stehen Hiroshi Aoyama, Alvaro Bautista und Mattia Pasini. Reihe zwei füllen Hector Barbera, Raffaele de Rosa, Gabor Talmacsi und Mike di Meglio. Thomas Lüthi wird als 13. ins Rennen gehen.

In der Achtelliter-Klasse darf Andrea Iannone von der Pole Position ins Rennen starten. Julian Simon, Stefan Bradl und Esteve Rabat stehen auch noch in Reihe eins. Nico Terol, Dominique Aegerter, Bradley Smith und Pol Espargaro sind in der zweiten Reihe. Sandro Cortese wird als Neunter starten, Jonas Folger von Position 14 und Randy Krummenacher von Platz 22. Michael Ranseders Haojue Mannschaft hat wegen eines technischen Problems zurückgezogen. Zumindest hieß es, dass man das Qualifying nicht bestreiten würde können, das nun ja ausgefallen ist. Ranseder war am Freitag 32.