Regen ist immer für Überraschungen gut und so war es auch am Samstagmorgen im zweiten Training der 250er-Klasse in Motegi. Denn dort schob sich Hector Faubel an die Spitze, der bislang kaum Fuß in der Kategorie fassen konnte und deswegen nun auch nicht mehr Aprilia sondern Honda fährt. Auch Platz zwei war eine kleine Überraschung. Karel Abraham nutzte den Regen, um knapp drei Zehntel hinter Faubel auf Platz zwei zu fahren. 125cc-Weltmeister Mike di Meglio und sein 250cc-Amtskollege Marco Simoncelli waren auf drei und vier schon eher weniger überraschend. Um die drei Zehntelsekunden fehlten beiden auf die Spitze, wobei Simoncelli kurz vor Schluss sogar noch stürzte - sich dabei aber nicht weiter verletzte.

Seine Probleme mit den Bedingungen hatte Alvaro Bautista. Der Spanier landete mit 1,2 Sekunden Rückstand lediglich auf dem zehnten Rang. Zwischen ihm und seinem wahrscheinlich größten WM-Rivalen Simoncelli lagen noch einige starke Fahrer. Mattia Pasini hatte sich Rang fünf gesichert, Thomas Lüthi war auf sieben zu finden und Hiroshi Aoyama sowie Alex Debon dürften auch nur schwer zu knacken sein, sollte Bautista im Qualifying, bei dem die Bedingungen ähnlich sein werden, nicht zulegen. Alex Baldolini, der im Training auf den sechsten Platz gefahren war, dürfte bei einem trockenen Rennen am Sonntag hingegen nicht ganz so schwer zu überholen sein.

Für eine kleine Schrecksekunde während der Session sorgte Axel Pons. Er stürzte unter der Brücke kurz nach Kurve fünf, wobei seine Maschine auf der Strecke liegen blieb. Die Marshals konnten aber schnell genug eingreifen und das Motorrad entfernen. Damit kamen Pons und auch seine Kollegen ohne weiteren Schaden davon.