Ducati erlebte ein perfektes, chaotisches Rennen in Motegi. Auf trocknender Strecke wechselte Loris Capirossi zur richtigen Zeit auf Trockenreifen und konnte gewinnen, während Casey Stoner aufgrund von Problemen bei Valentino Rossi nach dem Wechsel auf Trockenreifen den WM-Titel nachhause fahren konnte. Dem Australier genügte ein sechster Platz, um die Ducati-Box in Jubel ausbrechen zu lassen. Auf das Podest kamen neben Capirossi in einem absolut verrückten Rennen noch Randy de Puniet und Toni Elias, der sich gegen Sylvain Guintoli durchsetzte.
Grund für den chaotischen Verlauf des Rennens war der Regen, der sich nach dem Rennen der 250er vollständig zurückgezogen hatte und dadurch alle Teams rätseln ließ, welche Reifen man verwenden sollte. Bei vielen Fahrern wurden noch in der Startaufstellung die Reifen die gewechselt und man schien etwas ratlos, womit man starten sollte. Von der Renndirektion wurde das Rennen jedenfalls für nass erklärt, wodurch die Fahrer die Möglichkeit bekamen, während des Rennens ihre Maschinen zu wechseln. Die ersten Fahrer, die davon Gebrauch machten und auf Slicks wechselten waren Kurtis Roberts und Akira Yanagawa, die kurz nach dem Start an die Box kamen.
Wer auch bald an die Box kam, war Anthony West. Der Australier führte das Rennen sogar an, doch wegen eines Frühstarts musste er eine Durchfahrtsstrafe absitzen. An der Spitze war dadurch sehr schnell Casey Stoner zu finden, der einen sehr guten Start hatte und bald Dani Pedrosa schluckte. Aber Marco Melandri war auch schnell und übernahm seinerseits die Spitze. Dahinter arbeitete sich Valentino Rossi wieder nach vorne, nachdem er beim Start nur sehr schlecht weggekommen und bis auf Platz acht zurückgefallen war. Er war bald wieder Dritter und versuchte der Spitze nachzusetzen.
Doch Melandri und Stoner waren schneller als der Italiener und fuhren ihm weiter davon. Es standen aber noch taktische Entscheidungen an. Denn auch bei Ducati wurde gearbeitet, um Stoner gegebenenfalls mit Slicks rauszuschicken. Nach der siebten Runde zeigte sich, dass es trockener und trockener wurde. Nicky Hayden und auch Sylvain Guintoli holten sich ihre Maschinen mit Slicks ab. Die Veränderung an der Strecke wirkte sich auch auf Rossis Rundenzeiten aus, denn er wurde schneller als die Beiden an der Spitze und konnte etwas aufholen. Toni Elias, Makoto Tamada und Shinichi Itoh kamen nach der achten Runde an die Box zum Wechsel.
Eine Runde später waren dann auch Capirossi und Vermeulen drin. Vermeulen lag zu dem Zeitpunkt auf Platz zehn, nachdem er beim Start stehen geblieben war. Es zeigte sich immer mehr, dass die Zeit zum Wechsel gekommen war, denn in der zehnten Runde fuhr Guintoli die bis dahin schnellste Rennrunde und der war schon auf Slicks. Rossi und Stoner blieben draußen und Rossi holte weiter auf. In Runde zwölf war es dann soweit und Rossi ging am Australier vorbei. Dahinter waren die Fahrer auf Slicks aber um mehrere Sekunden schneller und deswegen war jederzeit mit einem Wechsel zu rechnen.
Während vorne weitergefahren wurde, brachte sich Loris Capirossi mit schnellen Runden in die perfekte Ausgangsposition, sollten die anderen Wechseln. An der Spitze wurde trotzdem heiß gekämpft. Rossi und Melandri fuhren um jeden Zentimeter bis Melandri am Ende der 14. Runde an die Box kam. Auch Stoner kam herein. Rossi und Pedrosa blieben draußen, obwohl Capirossi sieben Sekunden schneller fuhr.
Eine Runde später kam dann auch Rossi herein und Dani Pedrosa stürzte, bevor er an die Box kommen konnte. Rossi kam hinter Capirossi, Edwards, Elias und de Puniet heraus, aber vor Stoner. Rossi schien aber mit seinen Reifen Probleme zu haben und fiel immer weiter zurück. Er kam wieder an die Box, musste seine Maschine checken lassen und ging wieder auf die Strecke. Doch es wurde nicht besser für ihn. Er kam neben die Strecke, konnte die Linie nicht halten und fiel immer weiter zurück, bis er schließlich als 13. ins Ziel kam. Damit war die Weltmeisterschaft entschieden.
Vorne profitierte Capirossi von seinem perfekt getimten Reifenwechsel und fuhr den Sieg sicher nachhause. Dahinter blieb Randy de Puniet auf seiner Maschine sitzen und holte einen starken zweiten Platz. Um Platz drei wurde noch hart gekämpft. Toni Elias musste sich gegen einen heranstürmenden Sylvain Guintoli wehren. Der Franzose kam näher und näher, doch Elias wollte nicht so einfach nachgeben. Immer wieder machte er die Tür zu, doch der Tech 3-Pilot war auf der schnelleren Maschine und startete drei Runden vor Schluss den ersten Angriff. Dabei kam er aber nach außen und musste den Spanier wieder vorbeilassen.
Daraufhin konterte Elias mit der schnellsten Runde des Rennens und ließ sich den Podestplatz nicht mehr nehmen. Dahinter wehrte sich Casey Stoner nicht mehr allzu sehr gegen Marco Melandri, sondern achtete darauf, den Titel sicher nachhause zu fahren. Dass dahinter Anthony West, Alex Barros, Nicky Hayden und John Hopkins noch in die Top Ten fuhren, wurde beinahe nicht mehr wahrgenommen. Alles blickte auf Ducati und die Feier, die dort ausbrach.
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