Der Regen hielt in Assen auch während des Qualifyings der MotoGP Einzug und brachte damit einen Regenspezialisten ganz vorne in die Startaufstellung. Doch nicht nur seine Qualitäten im Regen halfen Chris Vermeulen zur Pole Position, sondern auch das perfekte Timing. Denn er erwischte einen Zeitpunkt, als kurzzeitig der Regen ausgesetzt hatte und die Strecke nicht mehr ganz so nass war, um die Bestzeit zu fahren. Kurz danach begann es wieder zu regnen und keiner hatte mehr eine Möglichkeit, die Marke zu unterbieten. Auch nicht Casey Stoner, der bis zu Vermeulens Runde vorne gelegen hatte und sich lediglich um 17 Tausendstel geschlagen geben musste.
Bereits mit 1,1 Sekunden Rückstand konnte Randy de Puniet am Ende noch den Weg in Reihe eins finden. Marco Melandri war der Leittragende davon, denn der Italiener war nur wenige Sekunden davor auf Platz drei gefahren. So wird der Italiener am Samstag aber nur aus Reihe zwei starten. Mit ihm stehen dort John Hopkins und Colin Edwards. In Reihe drei konnte Regenspezialist Anthony West wieder für ein starkes Resultat sorgen. Der Australier erreichte Rang sieben. Dahinter sorgte Alex Hofmann für eine positive Überraschung. Denn der D'Antin-Pilot konnte sich den achten Startplatz sichern und befindet sich damit in einer sehr guten Ausgangsposition für den Samstag. Denn eines seiner Probleme in diesem Jahr waren schlechte Startplätze, wodurch er bereits zu Rennbeginn viel Zeit verlor. Diesmal sollte das nicht der Fall sein. Zusammen mit West und Hofmann steht noch Dani Pedrosa in Reihe drei.
Eine schlechte Session erlebte Valentino Rossi. Der Italiener musste lange darum kämpfen, eine gute Rundenzeit zu fahren. Nach einem Wechsel auf die Ersatzmaschine ging es schließlich etwas nach vorne und am Ende konnte er sich noch auf Platz elf verbessern. Direkt vor ihm platzierte sich Loris Capirossi, direkt dahinter Alex Barros. Weltmeister Nicky Hayden, der in den trockenen Sessions vorne dabei war, musste mit dem 13. Platz Vorlieb nehmen. Ein kleines Fragezeichen steht noch hinter Shinya Nakano, der nicht innerhalb der 107-Prozent-Hürde blieb. Normalerweise wird aber bei verregneten Qualifyings von der Renndirektion eine Ausnahme gemacht.
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