Der Sieger des Auftaktrennens in Jerez startet in Qatar aus der Spitzenposition. Alvaro Bautista machte es aber ziemlich spannend bevor er sich schließlich an die Spitze des Feldes fuhr. Ohnehin verlief das zweite Qualifikationstraining der 125er zu Beginn etwas schleppend.

Es dauerte zunächst ein paar Minuten bis die ersten Fahrer ihre Zeiten vom ersten Qualifying am Donnerstag verbessern konnten. Vor allem im letzten Sektor verloren die meisten viel Zeit. Der erste, der vorne hinein fahren konnte war Lukas Pesek, der sich zunächst auf den zweiten Platz verbesserte. Ihm folgte Gabor Talmacsi, der den dritten Rang eroberte.

Nach und nach unterboten immer mehr Fahrer ihre Zeiten vom Vortag, die Bestzeit von Mattia Pasini, aufgestellt am Donnerstag, hielt einstweilen trotzdem. Danach kehrte in der Zeitenjagd etwas Ruhe ein. Zu Beginn der letzten Zehn Minuten des Qualifikationstrainings kamen viele Fahrer noch einmal an die Box, um neue Reifen aufzuziehen und gegebenenfalls etwas am Setup zu verändern.

Am Ende der Session wurde es noch einmal richtig eng auf der Strecke, da alle noch einmal einen Angriff auf die Bestzeit probieren wollten. Dennoch verbesserten sich die Zeiten zunächst nicht. Als man sich dann bereits darauf eingestellt hatte, dass Mattia Pasinis Zeit vom Donnerstag für die Pole reichen würde, zauberte Alvaro Bautista noch eine Spitzenzeit auf den Asphalt und holte sich den begehrten ersten Startplatz. Dahinter behielt Pasini seine zweite Position. KTM-Pilot Mika Kallio fuhr hinter den zwei Aprilia auf den dritten Platz, gefolgt von Sergio Gadea, Lukas Pesek und Gabor Talmacsi.

Weltmeister Thomas Lüthi verbesserte seine Zeit vom Vortag zwar um fast eine Sekunde, erreichte aber nur den fünfzehnten Startplatz. Sein Teamkollege Sandro Cortese erzielte die siebzehnte Zeit. Für die KTM-Juniors Michael Ranseder und Stefan Bradl reichte es nur für die Plätze 32 und 33.