Es lief eigentlich fast alles nach Plan für Jorge Lorenzo im ersten 250er-Qualifying in Estoril. Er holte sich die klare Bestzeit und ließ die Konkurrenz mit doch schon etwas Abstand hinter sich. Aber es war eben nur fast alles nach Plan, denn rund 13 Minuten vor dem Ende hatte er Ausgangs der Schikane eine kleine Kollision mit einem langsameren Fahrer. Mehr als ein Kopfschütteln musste er sich aber nicht abringen, da alles sturzfrei ablief. Bei Lorenzos Gegnern wird der Kopf schon etwas mehr gewackelt haben, denn die wurden wieder einigermaßen distanziert.

So lag Andrea Dovizioso als Zweitschnellster bereits dreieinhalb Zehntel hinter seinem spanischen Rivalen und Mika Kallio verlor als Dritter knapp über vier Zehntelsekunden auf Lorenzo. Hiroshi Aoyama sorgte als Vierter dafür, dass beide KTMs in der provisorischen ersten Reihe stehen - sein Rückstand betrug allerdings schon knapp sechs Zehntel. Alvaro Bautista zeigte sich von einem Sturz im Training am Vormittag einigermaßen erholt und kam auf Position fünf. Alex de Angelis wurde knapp dahinter Sechster und Thomas Lüthi konnte sich mit dem siebten Platz stark gegenüber dem ersten Training steigern. Der Schweizer war knapp eine Sekunde langsamer als Lorenzo. Als Achter schaffte es noch Julian Simon in Reihe zwei.

Überraschend weit zurück fand sich Hector Barbera. Der Spanier musste zunächst mit Platz neun vorlieb nehmen. Bei Marco Simoncelli war Platz elf weniger verwunderlich, da er einen recht ungemütlich aussehenden Sturz hatte. Zwar konnte der Italiener danach wieder an die Box fahren, wirklich schnelle Runde gelang ihm aber keine mehr. Für Kiefer Racing endete das erste Qualifying mit einem ausbaufähigen Ergebnis. Dirk Heidolf erreichte Startplatz 16 und Alex Baldolini kam mit der 22. Zeit über die Ziellinie.