Die Stoner-Show ging auch im zweiten Training von Estoril weiter. Der Australier holte sich wieder einmal die Bestzeit und war mit seiner Runde in 1:37.950 auch Tagesschnellster - was angesichts seiner Bestzeiten in beiden Trainings auch wenig überrascht. Die Konkurrenz war diesmal aber nicht weit von dem Ducati-Piloten entfernt. Am nächsten war ihm überraschenderweise Makoto Tamada, dem nur 39 Tausendstel auf die Spitze fehlten. Die Zeit war aber wohl ebenso auf den Einsatz von Qualifyiern zurückzuführen wie Platz zehn für Sylvain Guintoli. Beide Tech 3 Fahrer verbesserten sich nämlich schlagartig um mehr als eine Sekunde und fuhren auch gleich wieder an die Box.

Ohne Qualifyier lag aber Valentino Rossi auch nicht viel weiter zurück. Dem Italiener fehlten eineinhalb Zehntelsekunden auf die Zeit von Stoner. Rossi bot aber auch ohne Bestzeit eine gute Show. Er legte mit qualmenden Reifen einige atemberaubende Drifts hin, als er aus der Zielkurve auf die Start-Ziel-Gerade beschleunigte.

Dani Pedrosa und Randy de Puniet konnten als Vierter und Fünfter auch einigermaßen den Anschluss zur Spitze halten. Sie verloren zweieinhalb beziehungsweise rund drei Zehntel auf Stoner. Die Abstände waren aber generell sehr knapp. Zwischen Stoner auf eins und Marco Melandri auf Platz 16 lag nicht einmal eine Sekunde, was für das weitere Wochenende auf einen spannenden Kampf hoffen lässt.

Bereits in der zweiten Hälfte dieser Sekunde, aber noch im vorderen Bereich des Feldes, waren John Hopkins, Loris Capirossi, Nicky Hayden und Alex Barros, die auf die Plätze sechs bis neun fuhren. Aber auch Chris Vermeulen, Carlos Checa oder Anthony West, die auf den Positionen elf bis 13 lagen, dürften mit ihren Zeiten nicht unzufrieden gewesen sein. Lediglich ihre Positionen werden ihnen nicht gefallen haben. Checa hatte außerdem einen kleinen Sturz, bei dem ihm aber nichts passierte und er seine Maschine danach auch noch an die Box bringen konnte.

Knapp außerhalb der einen Sekunde hinter Stoner befand sich Alex Hofmann. Der D'Antin-Pilot verlor aber auch nur rund 1,2 Sekunden und war damit alles andere als weit zurück. Colin Edwards war beispielsweise nur knapp schneller, auch wenn sich der Amerikaner sicher ärgern wird. Einziger Ausreißer war Kurtis Roberts. Er verlor 4,2 Sekunden auf die Bestzeit und war damit klar abgeschlagen.