Das zweite Training der MotoGP in Katar zeigte eine deutliche Kluft. Casey Stoner und Valentino Rossi lagen an der Spitze einigermaßen nahe beisammen und dann kam lange nichts. Mehr als acht Zehntelsekunden langen zwischen der Spitzenzeit und Randy de Puniet auf Rang drei. Die Bestzeit hatte wie schon am Freitag Stoner gesetzt, in 1:55.536 war er beinahe so schnell gewesen wie im ersten Training. Rossi war dem Australier bis auf drei Zehntelsekunden nahe gekommen und hatte bis zu einem Schlussangriff Stoners sogar nur neun Hundertstelsekunden Rückstand gehabt.

In der "zweiten Liga" ging es durchwegs eng zu. Zwischen De Puniet auf Rang drei und Marco Melandri am Ende des Feldes lag nur etwas mehr als Sekunde, oft machten nur ein paar Tausendstel den Unterschied zwischen zwei Positionen aus. De Puniets erster Verfolger war ein Honda-Mitstreiter aus dem Werksteam, Andrea Dovizioso. Der Italiener hatte bereits mehr als eine Sekunde Rückstand auf Stoner und einen kämpfenden Jorge Lorenzo hinter sich. Der Spanier kam nicht so gut auf Tempo wie am Freitag und konnte sich erst zum Trainings-Ende unter die Top Ten und auf Platz fünf fahren.

Die Positionen sechs und sieben gingen an Privatiers. Mika Kallio war gerade einmal 18 Tausendstel langsamer als Lorenzo gewesen, Ben Spies lag seinerseits lediglich 14 Tausendstel hinter dem Finnen. Loris Capirossi hatte diesmal seinen Teamkollegen Alvaro Bautista im Griff und erreichte Rang acht. Dani Pedrosa machte auch einen Auftritt in den Top Ten. Der Spanier schien zwar weiter nicht glücklich mit seiner Maschine zu sein, aber er war immerhin ein wenig nach vorne gekommen und nur zwei Zehntel langsamer als sein Teamkollege auf Rang vier gewesen. Die letzte Position in den Top Ten ging an Colin Edwards.

Jenseits der Top Ten war diesmal Nicky Hayden zu finden, der trotz seiner Klagen über die weichen Reifen nach dem Freitagstraining auch am Samstag wieder Experimente damit machte. Rang elf stand am Ende zu Buche, damit lag er direkt vor den Rookies Marco Simoncelli, Alvaro Bautista, Aleix Espargaro, Hector Barbera und Hiroshi Aoyama. Barbera konnte am Ende allerdings nicht mehr in die Zeitenjagd eingreifen, da er acht Minuten vor Schluss stürzte.