Das Duell geht weiter: Valentino Rossi und Casey Stoner setzten ihren Zweikampf von Laguna Seca auch in Brünn fort. Die beiden Titelkonkurrenten lieferten sich schon im 1. Freien Training am Freitagvormittag ein hartes Duell um die Führung, das sie auch in der zweiten Trainingsstunde am Nachmittag fortsetzten.

Nachdem sich im 1. Training knapp der Italiener hatte durchsetzen können, drehte der Australier im 2. Training auf und fuhr knapp zwei Zehntel schneller als sein Titelrivale. Rossi belegte dahinter Rang 2, konnte Stoner aber nicht, wie im 1. Training, mit seinem letzten Angriff von der Spitze verdrängen.

Hinter den beiden WM-Kandidaten fuhr Loris Capirossi mit seiner Suzuki auf Platz 3. Shinya Nakano bestätigte derweil als Vierter die positiven Eindrücke aus dem 1. Training, in welchem er zum ersten Mal mit der Werks-Honda unterwegs gewesen ist. Die Top10 komplettierten de Angelis, Vermeulen, Edwards, Hopkins, Elias und Guintoli. Dani Pedrosa kam auch im zweiten Training nach seiner Rückkehr nicht über eine Hinterbänklerpositiv hinaus: im 1. Training wurde er Letzter, im 2. ließ er wenigstens Anthony West hinter sich.

Nach einer ruhigen Anfangsphase wurde das Feld nach 10 Minuten etwas verkleinert: fast zur gleichen Zeit, aber an unterschiedlichen Stellen stürzten Randy de Puniet und Alex de Angelis. Kurz darauf saß ein Grüner auf einem Roller statt auf seiner Kawasaki: Anthony West kam auf ungewohntem Gerät zurück an die Box. Und weil es so schön war, stürzte Randy de Puniet 20 Minuten später gleich noch mal. Den letzten Sturz der Session legte James Toseland in den Kies. Der Yamaha-Pilot konnte jedoch weiterfahren, ebenso wie Casey Stoner, der drei Minuten vor Trainingsende einen Ausflug ins Kiesbett machte.