Auch die 250er Klasse war am Freitag in Brünn nicht vor dem Regen gefeit. Das merkte auch Lokalmatador Karel Abraham, der zur Hälfte des 1. Qualifyings stürzte und ins Kiesbett rutschte. Nicht bremsen ließ sich von den Bedingungen Hector Barbera. Der Aprilia-Pilot fuhr in 2:16.210 Minuten die schnellste Zeit des Qualifyings und errang so die provisorische Pole Position in der Viertelliterklasse.

Platz 2 belegte der WM-Zweite Mika Kallio vor seinem Titelrivalen Marco Simoncelli, der das Feld bis in die Schlussminuten angeführt hatte. So fehlte ihm am Ende eine Sekunde auf die Bestzeit von Barbera. Kallio war knapp sieben Zehntel langsamer als der Spanier.

Hinter diesem Trio reihte sich Alex Debon auf seiner Aprilia auf dem vierten Rang ein, noch vor Aoyama, Pasini, Laverty und Simon. Tom Lüthi verpasste den Sprung in die Top10 als Zwölfter knapp. Toni Wirsing qualifizierte sich im nassen Brünn für Position 15.