Im Qualifying mag er zwar geschlagen worden sein, doch im Warm-up auf Phillip Island zeigte Casey Stoner deutlich, dass der Sieg bei seinem Heimrennen nur über ihn führen wird. Bei gutem Wetter aber starkem Wind distanzierte der Australier Valentino Rossi auf Platz zwei um rund fünf Zehntel und auch Randy de Puniet als Dritter hatte einen ähnlichen Rückstand. Mit Fortdauer der Session immer besser wurde Nicky Hayden, der sich nach und nach bis auf Platz vier nach vorne arbeitete. Alex Barros hatte einen verspäteten Start, nachdem es anscheinend ein paar kleinere Probleme an der Maschine gab und erreichte noch Platz fünf. Sieben Zehntel lag der Brasilianer hinter Stoner, der nach in seiner Auslaufrunde bereits eifrig die zahlreichen Fans an der Strecke grüßen musste.
Zweitbester Australier war wieder Anthony West, der sich mit einem Rückstand von einer Sekunde auf die Spitze den achten Platz holte. Vor ihm lagen noch Dani Pedrosa und Marco Melandri. Pedrosa hatte das Missgeschick des Warm-ups. Als er nach dessen Ende einen Probestart machen wollte, stellte sich die Maschine auf das Hinterrad und warf den Spanier wie ein bockiges Pferd ab. Die letzten beiden Fahrer in den Top Ten waren Loris Capirossi und John Hopkins. Nach wie vor nicht voll dabei waren Colin Edwards, Toni Elias und Chris Vermeulen, die auf die Plätze 13, 14 und 15 kamen. Ebenfalls eine problematische Session hatte Kurtis Roberts. Bei ihm scheint sich über Nacht nicht der erhoffte Grip eingestellt zu haben und der Amerikaner rutschte mehr als ihm lieb war. Er beendete das Training auf dem 19. und letzten Platz.
Nach dem Warm-up nahm das gesamte Feld der MotoGP Abschied von Norifume "Norick" Abe. Alle Fahrer und Teammitglieder versammelten sich auf der Start-Ziel-Geraden und hielten eine Schweigeminute ab. Vielen war dabei anzumerken, dass sie eine innige Beziehung zu Abe pflegten und sie der Tod des Japaners tief getroffen hat. Die Beerdigung des ehemaligen MotoGP-Piloten fand am Samstag in Tokyo statt.
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