Casey Stoner musste sich am Freitag über vieles ärgern, was seiner Meinung nach nicht passte. Aber am meisten ärgerte ihn Carlos Checa, der kurz nach Beginn des Nachmittagstrainings seine Linie in langsamer Fahrt kreuzte, während Stoner mit Vollgas ankam. Daraufhin richtete der Australier einen Lufttritt und die geballte Faust an Checa, der seinerseits mit der erhobenen Faust antwortete. Strafe wurde von der Renndirektion keine ausgesprochen, aber die beiden Fahrer waren nachher nicht besonders gut aufeinander zu sprechen und Stoner musste bei den Stewarts vorstellig werden.

Stoner sagte danach: "Ich war auf der linken Seite der Strecke und kam an ihm innen vorbei, denn er war wirklich langsam. Ich war mit vollem Tempo unterwegs und er begann, hinüberzukommen, um nach innen zu fahren; direkt vor mich. Ich musste also nach außen ausweichen. Es war eine knappe Sache. Ich wusste nicht, ob ich rechts oder links fahren sollte, denn er war direkt vor mir. Ich bin enttäuscht, denn das war nicht das erste Mal, dass er das getan hat." In Laguna Seca war Checa John Hopkins in den Weg gekommen, der gerade auf einer fliegenden Runde unterwegs war. Damals hatte der Amerikaner auch einen Tritt in die Luft gewagt und war dafür bestraft worden.

Checa sah die Situation in Motegi nicht als so ernst an und meinte: "Jeder hat im Fernsehen gesehen, dass ich langsam auf der Außenlinie gefahren bin. Ich verstehe also nicht, warum er so aufgeregt war. Ich hoffe nur, dass Casey sich beruhigen und auf die WM konzentrieren wird. Das ist es, was er tun sollte."