Nach dem starken Auftritt in Donington, wo Dani Pedrosa die Pole Position einfuhr und das Rennen gewann, hat der Spanier auf dem Sachsenring den ersten Schritt gesetzt, um dieses Ergebnis zu wiederholen. Im Qualifying sicherte er sich den ersten Startplatz mit 96 Tausendstel Vorsprung auf Kenny Roberts Jr. Platz drei und damit auch noch freie Sicht aus der ersten Startreihe ging an WM-Leader Nicky Hayden.

Mehr als die gute Startposition wird Hayden aber das Abschneiden von Valentino Rossi freuen. Die Probleme des Italieners setzten sich auch im Qualifikationstraining fort und deswegen wird er am Sonntag nur von Startplatz elf aus ins Rennen gehen. Zwar konnte Rossi in Donington von Position zwölf aus noch auf Platz zwei fahren, musste dort aber bei Umstellungen am Setup zwischen Samstag und Sonntag auch viel riskieren, um das zu schaffen.

Zwei andere Italiener hatten einen besseren Samstag auf dem Sachsenring. Hinter dem viertplatzierten Shinya Nakano belegten Loris Capirossi und Marco Melandri die Ränge vier und fünf. Auch Sete Gibernau durfte zufrieden sein. Nach seinem Schlüsselbeinbruch fuhr der Spanier gleich auf den siebenten Startplatz. Casey Stoner, John Hopkins und Makoto Tamada komplettierten die Top Ten.

Alex Hofmann verlor im Vergleich zum Vormittagstraining zwar keine Plätze mehr und wurde 17., diesmal wuchs aber sein Rückstand zur Spitze. Exakt 2,3 Sekunden war der Deutsche hinter Dani Pedrosa. Zwei seiner drei Konkurrenten in der "Dunlop-Trophy" ließ er damit hinter sich. Der Dritte im Bunde, Carlos Checa, war dafür aber mehr als eine Sekunde schneller als Hofmann.