Auch wenn der Regen kurz noch einmal reinschaute, es wurde während des dritten Trainings der MotoGP in Valencia trockener. Dadurch konnten die Piloten ihre Zeiten vom verregneten Freitag immerhin ein bisschen verbessern, auch wenn sie vom Streckenrekord noch mehr als zehn Sekunden entfernt waren. Wie bei abtrocknenden Bedingungen üblich, waren es wieder die letzten Runden der einzelnen Fahrer, die über die Bestzeit entschieden. Dabei setzte sich am Ende ein alter Bekannter durch. Nach zwei Bestzeiten vom Freitag war auch am Samstagmorgen Nicky Hayden der Schnellste auf der Strecke und konnte sich mit einer Zeit von 1:43.940 um vier Zehntel von seinem engsten Verfolger Shinya Nakano absetzen.

Auf Platz drei sorgten die Bedingungen und/oder ein Abstimmungswunder für eine große Überraschung. Nachdem er am Freitag über massive Probleme geklagt hatte, konnte sich Marco Melandri plötzlich ins Spitzenfeld fahren und sogar seinen Teamkollegen Casey Stoner um zwei Zehntel abhängen. Diese zwei Zehntelsekunden genügten, um den Australier lediglich auf Rang sieben landen zu lassen. Zwischen die zwei Ducati-Fahrer hatten sich noch Valentino Rossi, Andrea Dovizioso und Chris Vermeulen geschoben. Die Top Ten wurden von Dani Pedrosa, Loris Capirossi und Alex de Angelis abgerundet.

Erwartungsgemäß Probleme hatte Sylvain Guintoli. Nach einem guten Freitag, der mit einem Sturz und Schmerzen endete, kam der Franzose über Platz 16 nicht hinaus; hinter ihm landeten noch John Hopkins und Toni Elias. Vor ihm hatten sich noch Anthony West, Randy de Puniet, Jorge Lorenzo, Colin Edwards und James Toseland platziert. Für Yamaha sah das Gesamtergebnis damit nicht so gut aus wie noch am Freitag.