Nach einer recht soliden Vorstellung im ersten Training zeigte Casey Stoner im zweiten eine dominante Vorstellung und untermauerte damit, dass er wohl auch am MotoGP-Wochenende auf dem Sachsenring nur schwer zu schlagen sein wird. Die meiste Zeit der Session lag der Weltmeister mehr als sieben Zehntelsekunden vor der Konkurrenz, am Ende waren es immerhin noch vier Zehntel und seinen eigenen Pole Position Rekord hatte er in 1:21.582 auch schon klar unterboten. Ganz perfekt war es für Stoner allerdings nicht gelaufen. Einige Male musste er sich an der Box beschweren, dass sein Heck ein wenig zu lose war und kurz vor Schluss rutschte er auch noch ins Kiesbett; allerdings ohne sich dabei weh zu tun.

Wie schon am Vormittag war Alex de Angelis derjenige, der sich mit einer guten Runde gegen Ende des Trainings nach vorne arbeitete. Der Fahrer aus San Marino konnte wieder Platz zwei verbuchen. Diesmal saß ihm allerdings niemand direkt im Nacken, da Colin Edwards auf Rang drei rund eine halbe Sekunde weiter zurück lag, auf Casey Stoner also bereits rund neun Zehntel verloren hatte. Trotz des Rückstands und auch eines Sturzes war der Texaner bestens aufgelegt und fand auch Zeit für den einen oder anderen Scherz. Valentino Rossi erreichte den vierten Rang und dürfte angesichts seiner 1,2 Sekunden Rückstand auf Stoner nicht besonders zufrieden gewesen sein. Denn der Rest des Feldes lag durchaus eng beisammen. Zwischen Rossi auf vier und Anthony West auf Rang 15 lagen keine sieben Zehntel.

Noch am vorderen Ende dieses dichten Pulks hielt sich Jorge Lorenzo auf, der Platz fünf eingefahren hatte. Ihm folgten Shinya Nakano, Dani Pedrosa, Nicky Hayden, Andrea Dovizioso und Randy de Puniet. Damit hatte Honda wieder alle seine Maschinen in die Top Ten gebracht, wobei jene von Pedrosa und Dovizioso ein wenig leiden mussten, da es für sie etwas hart ins Kiesbett ging. Wie bei Stoners Sturz war aber auch dabei alles glimpflich abgegangen - zumindest für die Fahrer. Frisch vom Teamchef verlassen ging es bei der D'Antin Mannschaft ein wenig vorwärts, erreichten Sylvain Guintoli und Toni Elias doch die Plätze elf und 13. Dazwischen hatte sich noch Loris Capirossi geschoben. Am Ende des Feldes fanden sich Marco Melandri und James Toseland - der eine dürfte nach wie vor mit seiner Maschine kämpfen, der andere mit der Strecke.