Über sieben Sekunden war Dani Pedrosa im Regen des Sachsenrings bereits dem ersten Verfolger mit Namen Casey Stoner enteilt und schien direkt auf dem Weg vom Regen-Hasser zum Regen-Gott zu sein. Doch dann brachte ihn ein kurzer Moment der Unachtsamkeit zu Fall. Eingangs Kurve eins klappte Pedrosa der Vorderreifen weg und er landete mit einem heftigen Sturz im Luftzaun. Bei dem Abflug verletzte sich der Spanier an Hand und Fuß, weswegen nicht sofort klar war, ob er in Laguna Seca würde starten können. Daraufhin war es an Stoner, das Rennen souverän nach Hause zu fahren, so wie es nach den Trainings zu erwarten war. Dass Pedrosa dabei punktelos blieb, half dem Australier noch dazu, in der Weltmeisterschaft weiter auf die Spitze aufzuschließen.

Hinter dem Weltmeister betrieb Valentino Rossi Schadensbegrenzung. Nach einem enttäuschenden Qualifying konnte der Italiener den Regen dazu nutzen, um sich gleich in den ersten Runden nach vorne zu arbeiten und letztendlich auf Rang zwei zu landen. Damit übernahm er auch wieder die WM-Führung von Pedrosa. Nur kurz musste sich Rossi zwischendurch wehren, als es den Eindruck machte, dass Chris Vermeulen zu ihm aufschließen könnte. Doch der Italiener legte rechtzeitig an Tempo zu und entschwand in der Gischt. Vermeulen selbst hatte danach einigermaßen schwer zu kämpfen, denn ihm saß Alex de Angelis im Nacken, der starken Trainings und einem schwachen Qualifying einen Podestplatz folgen lassen wollte.

Doch am Ende setzte sich schließlich Vermeulen durch und holte damit seinen ersten Podestplatz der Saison. De Angelis durfte sich dennoch über den vierten Rang freuen, nachdem er zuletzt eher mit Ausritten auf sich aufmerksam gemacht hatte. Andrea Dovizioso fuhr ein solides Rennen zu Rang fünf und auch für die D'Antin Mannschaft gab es Grund zur Freude. Sylvain Guintoli hatte sich bis auf Rang sechs nach vorne gekämpft und damit das beste Saisonergebnis für das Team geholt. Loris Capirossi rang Randy de Puniet im Kampf um Rang sieben nieder. Shinya Nakano holte Platz neun und Anthony West wurde trotz eines Ausritts Zehnter.

Noch schlechter ging es James Toseland, Toni Elias und Nicky Hayden. Toseland und Elias hatten einfach nicht die Pace, um innerhalb der gleichen Runde wie Stoner anzukommen. Hayden musste mit einem Reifenproblem an die Box und landete zwei Runden hinter dem Sieger. Nicht ins Ziel kamen neben Pedrosa noch Jorge Lorenzo, Marco Melandri und Colin Edwards, die alle aus dem Rennen stürzten.

In der Weltmeisterschaft sieht es nun so aus, dass Rossi plötzlich wieder 16 Punkte Vorsprung hat. Pedrosa ist nach seinem Sturz auf Rang zwei zurückgefallen und liegt nun nur mehr knapp vor Stoner. Der Australier hat vier Punkte Rückstand auf Platz zwei und auf Rossi fehlen ihm lediglich 20 Zähler. Jorge Lorenzo spielt als Vierter keine Rolle im WM-Kampf mehr. Der Spanier liegt bereits 73 Punkte hinter Rossi.