Das MotoGP-Qualifying war keine so klare Angelegenheit für Casey Stoner wie man es davor vielleicht erwarten konnte. Denn bei guten Witterungsbedingungen musste der Australier wirklich kämpfen. Allerdings hielt zunächst nur einer wirklich dagegen und das war Valentino Rossi. Denn es war der Italiener, der knapp fünf Minuten vor Schluss eine Zeit von Stoner unterbot, die eigentlich schon wie die sichere Pole aussah. Den Pole-Rekord hatte er wie erwartet vernichtet gehabt, doch Rossi schaffte es mit einem starken letzten Sektor sich noch nach vorne zu quetschen.
Stoner musste also noch einmal angreifen, um sich die Pole Position doch noch zu sichern und das gelang ihm auch. Damit holte er sich die Pole mit Ansage, war allerdings härter geprüft worden als erwartet. Denn am Ende war auch noch Dani Pedrosa knapp dran und verpasste die Bestzeit um nur 32 Tausendstel. Rossi fiel damit trotz seiner starken Leistung noch auf Rang drei zurück, konnte sich aber über einen Startplatz in Reihe eins freuen.
Neben dem Kampf an der Spitze bestimmte aber leider auch ein schwerer Sturz von John Hopkins das Qualifying, der kurz vor Ende der Session bei hoher Geschwindigkeit die Kontrolle über seine Maschine verlor. Die Maschine wurde bei dem Abflug fast völlig zerstört und Hopkins schlug selbst mit hoher Geschwindigkeit im Reifenstapel ein und blieb danach verletzt liegen. Die medizinischen Kräfte waren gleich bei ihm, doch der Kawasaki-Pilot musste mit einer Trage abtransportiert werden. Kurz darauf war er zu sehen, wie er zunächst im Rollstuhl und dann gesützt die Clinica Mobile aufsuchte. Genaues war bislang nicht zu erfahren, aber ein Einsatz von Hopkins am Samstag scheint äußerst fraglich.
Ungeachtet des Unfalls fuhren die übrigen Piloten trotzdem ihre Startplätze aus. Nicky Hayden fuhr in der "zweiten WM" ganz vorne, denn er wurde Vierter, hatte allerdings bereits rund eine halbe Sekunde Rückstand auf die Spitze. Knapp hinter ihm reihte sich Randy de Puniet ein. Ebenfalls noch in Reihe zwei konnte sich Colin Edwards fahren, der wieder einmal einer der Ersten auf Qualifyiern gewesen war und 25 Minuten vor Session-Ende mit der Zeitenjagd begann. Jorge Lorenzo, Chris Vermeulen und Shinya Nakano bilden Reihe drei. In Reihe vier werden der überraschend schnelle Sylvain Guintoli, Andrea Dovizioso und Alex de Angelis Aufstellung nehmen. James Toseland, Toni Elias, der gestürzte Hopkins, Anthony West und Marco Melandri besetzten die letzten Positionen.
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