Das Wetter ist in Le Mans immer ein wichtiger Faktor und so war es auch im Qualifying der MotoGP. Denn der Himmel zog mit Fortdauer der Session immer weiter zu, weswegen Team um Team seine Runden auf den Qualifyiern nach vorne zog, um eine gute Zeit einzufahren, bevor es vielleicht zu regnen begann. Dementsprechend früh ging es auch schon zur Sache, denn nicht nur die normalen Frühstarter begannen sehr schnelle Runden zu fahren, sondern alle begannen damit - dass der Regen am Ende nicht kam, spielte dann auch keine Rolle, sondern dehnte die Zeitenjagd einfach aus.
Das Endergebnis war angesichts der bisherigen Trainings an diesem Wochenende allerdings keine Überraschung. Dani Pedrosa setzte seine gute Trainingsform vom Freitag fort und nutzte sie auch auf Qualifyiern, um in 1:32.647 auf die Pole Position zu fahren. Damit holte sich der Spanier auch den Pole Rekord, denn in diesem Jahr sind aufgrund des Umbaus der Garage Vert alle Rekorde auf Null gesetzt worden - immerhin ist die Strecke nun fünf Meter länger. Der Zweck des Umbaus wurde im Qualifying auch deutlich, da viele Fahrer die größere Auslaufzone in Anspruch nehmen mussten.
Bis Pedrosa in Führung ging, hatte es lange so ausgesehen, als ob Colin Edwards den besten Startplatz erobern könnte. Immerhin lag er lange Zeit in Führung und hatte zunächst auch sieben Zehntel Vorsprung. Doch die Konkurrenz kam immer näher und am Ende blieb dann doch nur Rang zwei. Den dritten Platz in Reihe eins konnte sich Casey Stoner sichern, der als schnellster Bridgestone-Fahrer bereits rund dreieinhalb Zehntelsekunden verlor. Valentino Rossis Rückstand auf Platz vier betrug bereits eine halbe Sekunde, was ihn womöglich wieder dazu veranlassen wird, mehr Qualifying-Leistung von Bridgestone zu fordern.
Wieder mit einigen Problemen war Jorge Lorenzo unterwegs. Er kam am Ende zwar auf Startplatz fünf, musste aber einmal mit hoher Geschwindigkeit durch den Kies, wobei er seine Füße von den Rasten nahm, um sich nicht weiter zu verletzen. Ein anderes Mal fuhr er in La Chapelle geradeaus und musste rückwärts schieben. Dritter Fahrer in Reihe zwei ist Nicky Hayden, der mit Rennreifen wieder langsam war, auf Qualifyiern aber zulegen konnte. Reihe drei formen James Toseland, Chris Vermeulen und John Hopkins. Andrea Dovizioso, Loris Capirossi und Randy de Puniet starten aus Reihe vier. Das Ende des Feldes hatte wieder das gewohnte Bild. Sylvain Guintoli, Marco Melandri und Anthony West belegten die letzten Plätze.
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