Es war so richtig heiß in Motegi, als die MotoGP-Piloten am Freitagnachmittag in ihrem zweiten Training unterwegs waren. 34 Grad zeigte das Thermometer an und deswegen war es auch kein Wunder, dass John Hopkins meist einen Ventilator auf dem Schoß hatte, wenn er in der Box saß. Auf der Strecke zeigte Dani Pedrosa eine heiße Vorstellung. Der Spanier fuhr nicht nur konstant schnelle Runden, sondern auch die schnellste der ganzen Session. In 1:47.865 war er beinahe vier Zehntel schneller als Randy de Puniet. Das ist alleine schon deswegen recht viel, weil zwischen de Puniet auf zwei und Toni Elias auf Platz 15 keine sieben Zehntel lagen. Marco Melandri, John Hopkins und Casey Stoner kamen auf die Plätze drei bis fünf
Bei Stoner lief es aber nicht nur zeitentechnisch nicht nach Wunsch. Kurz nach Beginn der Session hatte er eine kleine Auseinandersetzung mit Carlos Checa, der ihm in den Weg kam und ihn sogar leicht berührte, was einen Lufttritt des Australiers in Richtung Checa zur Folge hatte. In der jüngeren Vergangenheit waren die Rennkommissare bei so einem Verhalten nicht zimperlich, es könnte also noch eine Geldstrafe für den WM-Führenden folgen. Aber auch ohne ungewollte Zusammentreffen haderte Stoner immer wieder mit einem Motorrad, dass sich ziemlich stark nach links und rechts bewegte.
Noch schlechter erwischte es allerdings Valentino Rossi. Der Italiener war zunächst recht gut unterwegs, kam dann aber mit rauchendem Motor an die Box und musste auf seine Ersatzmaschine umsteigen. Auf der konnte er nicht mehr die Zeiten von davor wiederholen und fiel noch bis Platz 14 zurück. Allerdings fehlten ihm dort gerade einmal neun Zehntel auf Pedrosa. Für eine kleine Überraschung sorgte Kousuke Akiyoshi. Als Sechstschnellster lag er nur knapp hinter Markenkollege John Hopkins und weiter vorne als sich viele gedacht hatten. Damit hatte er beispielsweise Loris Capirossi, Anthony West oder Nicky Hayden hinter sich gelassen, die sich auf den folgenden Plätzen einreihten. Zwischendurch lag Akiyoshi sogar auf Rang drei.
Den Ausrutscher der Session lieferte Sylvain Guintoli. Er stürzte 15 Minuten vor Ende des Trainings und ließ eine einigermaßen beschädigte Yamaha im Kiesbett zurück. Guintoli selbst konnte den Unfallort aber aus eigener Kraft und in sicherem Schritt verlassen. Am Ende lag der Franzose auf Platz 15. Überhaupt nicht nach Wunsch lief es für Chris Vermeulen. Der Suzuki-Pilot erreichte lediglich Platz 18 und ließ nur Wildcard-Fahrer Akira Yanagawa, Ersatzfahrer Shinichi Itoh und Kurtis Roberts hinter sich.
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