KTM durfte sich nach dem erste Qualifying der 250er-Klasse in Motegi selbst beklatschen. Beide Maschinen schafften es in die Top Drei und Mika Kallio holte sich die provisorische Pole Position. Aber auch die japanischen Fans haben mitgeklatscht, denn Hiroshi Aoyama kam mit Qualifikationsplatz drei auch zu einem guten Ergebnis. Zwischen die beiden KTMs schob sich noch Hector Barbera, der damit seine gute Form vom Vormittag bestätigte. Eine Zehntel fehlte dem Spanier auf die Bestzeit. Alex de Angelis konnte sich als Vierter auch noch in die vorläufige erste Startreihe stellen.

Für Jorge Lorenzo lief es nicht wie gewohnt. Hatte er am Morgen noch die Bestzeit geholt, so musste er sich am Nachmittag mit Platz sechs begnügen. Damit war auch Andrea Dovizioso wieder einmal vor ihm. Julian Simon und Shuhei Aoyama stellten noch zwei weitere Hondas in Reihe zwei. Thomas Lüthi schrammte daran um eineinhalb Zehntel vorbei. Der Schweizer hatte zu Beginn ein wenig Ärger, als er einen Umweg durch das Kiesbett machen musste und dabei einem anderen Piloten etwas verärgert mit der Hand deutete. Danach kam er mehr oder weniger störungsfrei um die Strecke und am Ende sprang für ihn der neunte Platz heraus.

Hinter Lüthi fand sich Estoril-Sieger Alvaro Bautista. Der Spanier verlor 16 Tausendstel auf den Schweizer und sechseinhalb Zehntel auf Kallio. Yuki Takahashi und Marco Simoncelli schafften es auch noch in die provisorische dritte Reihe. Für Kiefer-Racing verlief das Qualifying nicht ganz nach Wunsch. Alex Baldolini kam auf Platz 17 und verlor dabei rund acht Zehntel auf Takumi Takahashi, der den 15. Rang holte. Dirk Heidolf erreichte lediglich Platz 21. Am Samstag bekommen aber er und alle anderen noch eine Chance, sich im zweiten Qualifying zu steigern oder - wie im Fall von Kallio - ihre Position zu verteidigen.