Casey Stoner machte im Qualifying in Brünn das, was man von ihm erwartet hatte. Er fuhr zur Pole Position und das auch noch relativ gemütlich. Denn bereits zwölf Minuten vor Ende der Session hatte er eine Zeit hingelegt, die ihm für den Startplatz ganz vorne genügt hätte. Ein paar Minuten später legte der Australier noch einmal nach und ließ die Konkurrenz förmlich stehen. Nur Nicky Hayden und Dani Pedrosa schafften es, annähernd mit Stoner mitzuhalten, indem sie knapp drei Zehntel von der Pole-Zeit entfernt waren. Dabei hatte das Zeittraining für Stoner nicht besonders gut begonnen. Auf seiner ersten Runde hatte er ein Problem mit der Hinterbremse und musste gleich wieder an die Box zurückkehren. Nach einer kurzen Reparatur konnte er aber wieder angreifen.
Jenseits der ersten Startreihe wurden die Abstände recht groß. John Hopkins hatte als Vierter bereits knapp sieben Zehntel Rückstand auf die Spitze. Allerdings stürzte er in seiner letzten schnellen Runde in Kurve sieben und ließ damit seine Chance auf eine Verbesserung aus. Die nutzte dafür Randy de Puniet. Er schob sich im letzten Moment noch auf Platz fünf nach vorne und verdrängte damit Valentino Rossi auf den sechsten Rang. Der Italiener hatte während der Session wieder schwer zu kämpfen, um auf passende Zeiten zu kommen. Mit dem sechsten Platz konnte er immerhin einen Startplatz in der zweiten Reihe sichern. Allerdings dürfte es Rossi schwer haben, im Rennen ganz vorne mit Stoner mitzuhalten.
Loris Capirossi konnte seine guten Leistungen der vorigen Trainings nicht ganz wiederholen und wird am Sonntag als Siebter ins Rennen gehen. Mit ihm in Reihe drei stehen Chris Vermeulen und Colin Edwards. Sylvain Guintoli hatte diesmal wieder einen großen Moment. Denn er fand sich zwischendurch wieder einmal an der Spitze des Feldes. Da waren allerdings noch rund 16 Minuten zu fahren, weswegen er in weiterer Folge mit ansehen musste, wie er noch bis auf Platz zehn zurückfiel. Im Vergleich zu den Ergebnissen der ersten Saisonhälfte war das dennoch eine deutliche Steigerung. Toni Elias schaffte bei seinem Comeback Startplatz 14. Das Schlusslicht des Feldes bildete wieder Ivan Silva, der am Sonntag als 18. ins Rennen gehen wird, da Marco Melandri aufgrund seines Problems mit einem Nerv im Nacken das Rennen auslassen muss.
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