Dani Pedrosa hat auch am Samstagvormittag in Motegi gezeigt, dass er weiter voll auf Angriffsmodus unterwegs ist. Der Spanier fuhr im dritten Training der MotoGP eine weitere starke Bestzeit und ließ WM-Spitzenreiter Jorge Lorenzo keine Chance. Pedrosas Bestzeit betrug 1:45.792 Minuten, womit er schneller war als sein eigener Streckenrekord aus dem Jahr 2011. Lorenzo hatte er um 0,265 Sekunden abgehängt, Ben Spies hatte als Dritter 0,346 Sekunden Rückstand.

Andrea Dovizioso sorgte als Vierter dafür, dass Pedrosa gleich drei Yamahas im Nacken hatte, erster Markenkollege für den Spanier war Alvaro Bautista auf Platz fünf. Casey Stoner hatte derweil wieder ein wenig mit seinem verletzten Knöchel zu kämpfen und belegte hinter Cal Crutchlow den siebten Platz - rund sieben Zehntelsekunden fehlten dem Australier auf seinen Teamkollegen. Valentino Rossi konnte sich als letzter Fahrer mit weniger als einer Sekunde Rückstand den achten Rang sichern, Stefan Bradl und Nicky Hayden landeten noch in den Top-10.

Stärkster CRT-Fahrer war auch am Samstagvormittag Aleix Espargaro. Der Spanier konnte sich diesmal sogar auf Platz elf fahren, da er Hector Barbera, Katsuyuki Nakasuga und Karel Abraham hinter sich gelassen hatte. Randy de Puniet rundete die Top-15 ab, dahinter folgten noch James Ellison, Danilo Petrucci, Michele Pirro, Roberto Rolfo, Yonny Hernandez, Colin Edwards und Ivan Silva.