Andrea Dovizioso hieß der Mann, der sich im Nassen in Brünn am besten zu recht fand. Runde 1,7 Sekunden war er im Warmup schneller als der Rest der MotoGP-Meute. Dabei fuhr er seine Bestzeit noch ziemlich am Anfang des Trainings, als die Ideallinie an vielen Stellen schon aufgetrocknet war.

Doch es sollte nicht Niederschlagsfrei bleiben. In den letzten Minuten des Warmup prasselte auf manche Streckenteile ein Wolkenbruch hernieder. Besonders im Bereich der Kevin Schwantz-Kurve schüttete es wie aus Gießkannen, wohingegen es im Bereich von Start/Ziel nicht so schlimm war.

Hinter Dovizioso klassierten sich zeitgleich Dani Pedrosa und Casey Stoner. Beide fuhren in 2:11,817 Minuten exakt die gleiche Zeit. Jorge Lorenzo und Marco Melandri komplettierten die Top Fünf, Mika Kallio wurde vor Nicky Hayden Sechster.

Alex de Angelis, Colin Edwards und Loris Capirossi machten die Top Ten komplett, Randy de Puniet, Aleix Espargaro und Hector Barbera belegten die Plätze elf bis 13. Marco Simoncelli, der als 14. gewertet wurde, hatte gegen Ende des Warmups in der letzten Linkskurve vor Start-Ziel noch einen kleinen Schreckmoment und bekam die Kurve nicht. Er fuhr gerade aus ins Kiesbett, konnte aber auf seiner Maschine sitzen bleiben.

Ben Spies klassierte sich als 15., Valentino Rossi wurde 16. Am Ende des Warmups streikte seine Yamaha kurz, sodass Markenkollege Colin Edwards helfen und schieben musste. Rossi bekam die M1 aber doch wieder in Gang und konnte in die Box fahren. Alvaro Bautista war wieder mit von der Partie und wurde als Letzter auf Rang 17 gewertet.