Nach dem Freitagnachmittag war Casey Stoner in Valencia auch am Samstagvormittag voraus. Mit einer Zeit von 1:32.819 Minuten blieb der Australier nur wenige Tausendstelsekunden hinter seinem Freitagswert. Der zweite Platz ging an den besonders motivierten Dani Pedrosa, der dieses Wochenende unbedingt gewinnen will. Rund eineinhalb Zehntelsekunden fehlten dem Spanier auf die Bestzeit. Auf den Positionen drei und vier fanden sich die beiden Yamaha-Werksfahrer Jorge Lorenzo und Valentino Rossi. Zweieinhalb beziehungsweise rund fünf Zehntel lagen sie hinter Stoner.
Erster Verfolger der Top Vier war diesmal Nicky Hayden, der zwar einmal durch den Kies ritt, aber ansonsten ein besseres Gefühl gefunden zu haben schien als noch am Freitag. Rund achteinhalb Zehntel war er hinter seinem Teamkollegen geblieben. Komplettiert wurden die Top Sechs durch einen sechsten Werks-Fahrer. Andrea Dovizioso hatte sich den Platz geholt. Der Rest der Top Ten gehörte den Satelliten-Piloten. Colin Edwards, Randy de Puniet, Alex de Angelis und Mika Kallio fuhren auf die Positionen sieben bis zehn.
Ben Spies konnte im Vergleich zum Freitag einen Schritt nach vorne machen. Der Amerikaner fand sich hinter Toni Elias auf dem zwölften Platz. Rund 1,4 Sekunden lag er hinter der Spitze, womit er zeitlich gesehen gut zulegen konnte - im Vergleich zu seiner Freitagszeit war er neun Zehntel schneller gewesen. Die letzten sechs Positionen teilten sich in aufsteigender Reihenfolge auf Marco Melandri, Loris Capirossi, Aleix Espargaro, James Toseland, Chris Vermeulen und Gabor Talmacsi auf.
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