Wie ernst es die Piloten der MotoGP im zweiten Training in Sepang am Samstagmorgen meinten, zeigte der Umstand, dass der Streckenrekord bereits rund neun Minuten nach Session-Beginn unterboten wurde. Auch wenn die WM zu Gunsten von Valentino Rossi beinahe schon entschieden scheint, Rennsiege sind nach wie vor ein begehrtes Gut, wobei sich auch diesmal wieder zeigte, dass wohl nur vier Fahrer dafür in Frage kommen dürften. Die Namen der Vier sind bekannt, Schnellster unter ihnen war diesmal Dani Pedrosa, der die Spitzenposition fast die ganze Session innehatte und nicht nur mit schnellen, sondern auch konstanten Zeiten aufwarten konnte.

Sein Vorsprung auf die übrigen drei "Aliens" war allerdings nicht besonders groß. Valentino Rossi hatte als Zweiter gerade einmal 19 Tausendstelsekunden Rückstand auf die 2:01.427 Pedrosas - und hatte ebenfalls mit Konstanz geglänzt. Casey Stoner fehlten als Drittem auch nur 58 Tausendstel auf die Spitze. Lediglich der Schnellste des Freitags, Jorge Lorenzo, lag ein wenig zurück. Der Spanier hatte rund vier Zehntelsekunden auf Pedrosa verloren. Damit lag der Spanier aber nach wie vor recht unangefochten in den Top Vier. Andrea Dovizioso auf dem fünften Platz war rund drei Zehntel hinter Lorenzo geblieben.

Die restlichen Positionen in den Top Ten bezogen Toni Elias, Nicky Hayden, Colin Edwards, Mika Kallio und Loris Capirossi. Bis Edwards auf der achten Position lagen die Fahrer innerhalb einer Sekunde, wobei es vor allem zwischen den ersten Vier und den Positionen fünf bis acht eng zuging. Jenseits der Top Ten fanden sich Randy de Puniet, Chris Vermeulen, Alex de Angelis und Aleix Espargaro auf den Positionen elf bis 14. Niccolo-Canepa-Ersatz Espargaro kam nach langsamem Beginn am Freitag immer besser in Fahrt, musste zwar einmal die Auslaufzone bemühen, näherte sich dafür aber jener Gruppe, die um den zehnten Platz fährt. Die letzten drei Positionen im Feld gingen an Marco Melandri, James Toseland und Gabor Talmacsi.