Zum Warmup der MotoGP-Klasse war der Estoril-Circuit in Nebelschwaden gehüllt. Die Temperaturen lagen weiterhin bei circa 20°C, die Luftfeuchtigkeit nahm, im Gegensatz zum 250er-Warmup etwas ab. Einheimische nahmen aber die Angst: Regen soll es nicht geben. So glauben zumindest diejenigen, die das Wetter kennen, weil sie dort wohnen.

Die MotoGP-Piloten selbst tasteten sich vorsichtig an die Bedingungen heran, die Zeiten waren wenig aussagekräftig. Zu Beginn war man rund fünf Sekunden langsamer als im Qualifying. So kam es auch, dass zur Halbzeit des Warmups der Ungar Gabor Talmacsi auf Rang drei der Zeitenliste lag. Viele Piloten wollten aber einfach nichts überstürzen, da der Nebel auch einen leichten feuchten Film auf der Piste hinterließ.

Auch wenn er selbst nicht gern als Regenspezialist bezeichnet wird, war Chris Vermeulen bei diesen schwierigen Bedingungen vorn dabei. Generell machten die Suzukis im Warmup eine gute Figur, denn auch Loris Capirossi war einige Male an der Spitze der Zeitenlisten zu finden.

Je größer der Zoom der TV-Kameras in Estoril eingestellt war, desto schlechter waren die Piloten zu erkennen, was auf dichter werdenden Nebel hindeutete. Das Wetter ist und bleibt in Estoril der große Faktor - so wie es die Fahrer und Teams um diese Jahreszeit für diese Piste auch erwarteten.

Casey Stoner, einmal warm geworden, schraubte die Bestzeit von Runde zu Runde nach unten. Drei Minuten vor Schluss lag er sechs Zehntel vor Valentino Rossi und seinem Markenkollegen Mika Kallio. Doch der Doctor ritt noch eine Schlussattacke - und war 0,004 Sekunden langsamer als sein Teamkollege Jorge Lorenzo, der sich plötzlich auf Rang zwei nach vorn schob.

Dani Pedrosa wollte sich kurz vor Schluss die Bestzeit schnappen, verlor aber im letzten Sektor den Zeitvorteil wieder. Stoner legte außerdem noch ein weiteres Mal nach und sicherte sich die Bestzeit. Pedrosa, Rossi, Lorenzo und Kallio klassierten sich dahinter, Nicky Hayden wurde vor Randy de Puniet, Chris Vermeulen, Toni Elias und Loris Capirossi Sechster.