War es am Freitagnachmittag noch heiß in Laguna Seca, präsentierte sich die Strecke in Monterey am Samstagmorgen in kühlem Gewand. Lediglich 15 Grad betrug die Lufttemperatur, nur 21 Grad wurden zu Beginn auf der Strecke gemessen. Am Freitag waren es noch 48 Grad gewesen. Den Piloten der MotoGP schien das im zweiten Training egal, sie drehten gleich auf und jagten die Zeiten nach unten, schon kurz nach Sessionbeginn befanden sie sich auf ähnlichem Niveau wie in Training eins. Kurz nach Halbzeit waren die Schnellsten dann bereits schneller als am Freitag - mit steigenden Temperaturen wurde es dann aber eher wieder langsamer. Mit Trainings-Ende lag schließlich Jorge Lorenzo mit einer Zeit von 1:21.799 an der Spitze und hatte sich mit einer guten letzten Runde vorerst einmal zum Pole-Favoriten gemacht.
Der zweite Trainingsrang ging am Samstagmorgen an Casey Stoner, der rund vier Hundertstel hinter Lorenzo geblieben war. Beim Australier war allerdings auch klar zu erkennen, dass es ihm nicht gut geht. Er fuhr nur kurze Runs und verbrachte fast mehr Zeit an der Box als auf der Strecke. Position drei erreichte wenig überraschend Valentino Rossi, womit die großen Drei wieder vorne versammelt waren. Rund dreieinhalb Zehntelsekunden fehlten dem Italiener auf die Spitze. Wieder überraschend weit vorne zu finden war Toni Elias, der von Beginn an mit den Top Drei mitmischte und am Ende mit fünfeinhalb Zehnteln Rückstand Vierter wurde.
Defekte und Stürze
Der Spanier hatte damit die beiden Repsol-Honda-Piloten hinter sich gelassen. Andrea Dovizioso und Dani Pedrosa folgten auf den Rängen fünf und sechs. Problemfrei war es vor allem für Dovizioso nicht gelaufen, der eine seiner Maschinen während der Session mit technischem Defekt abstellen musste. Auf den Positionen sieben, acht und neun folgten die drei Sturzpiloten der Session. Colin Edwards, Chris Vermeulen und Nicky Hayden hatten sich alle ins Kiesbett gelegt. Edwards und Hayden schienen unverletzt, Vermeulen hinkte ein wenig, konnte die Unfallstelle aber auch aus eigener Kraft verlassen.
Die Top Ten wurden von James Toseland abgerundet, der rund 1,3 Sekunden hinter der Spitze lag. Alex de Angelis, Randy de Puniet, Marco Melandri, Sete Gibernau und Loris Capirossi folgten in den Top 15. Capirossi erlebte eine schwierige Session. Zunächst kam er nicht auf Pace, dann hatte er ein technisches Problem, das ihn zum Abstellen der Maschine zwang. Zwar konnte er danach wieder mitmischen, es ging aber auch nicht besonders schnell über den Kurs. Das Ende des Feldes bildeten wie schon am Freitag Gabor Talmacsi und Niccolo Canepa, wobei der Ungar wieder knapp die Oberhand behielt.
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