Mit einer Zeit von 2:02.693 konnte Valentino Rossi im ersten MotoGP-Training in Sepang im letzten Moment noch ein Zeichen setzen, war er damit schließlich doch der Einzige, der unter der Marke von 2:03 Minuten blieb. Rund fünf Zehntel hinter Rossi wurde Jorge Lorenzo Zweiter, wobei der Spanier Casey Stoner direkt im Nacken sitzen hatte. Zwei Hundertstel lag der Australier hinter Lorenzo, wäre aber wohl lieber so nahe an Rossi dran gewesen.

Um Yamaha noch etwas mehr Präsenz an der Spitze zu verleihen, fuhr Colin Edwards auf Rang vier. Ihm folgten Randy de Puniet - der traditionsgemäß auch einmal stürzte -, Nicky Hayden, Loris Capirossi, Shinya Nakano, Andrea Dovizioso und James Toseland in den Top Ten. Keinen besonders guten Auftakt erwischte Dani Pedrosa. Der Spanier konnte lediglich auf Rang 17 fahren.