Im ersten Training der 250er in Sepang konnte Mika Kallio für KTM, das am Donnerstag seinen Ausstieg aus der 250er-WM 2009 bekanntgab, noch einmal aufzeigen. Der Finne fuhr eine Zehntel schneller als Alvaro Bautista und fand sich damit an der Spitze des Feldes. Hiroshi Aoyama war ebenfalls im Spitzenfeld zu finden und stellte seine KTM auf den dritten Rang; etwas weniger als eine halbe Sekunde hinter seinem finnischen Teamkollegen. Hinter Aleix Espargaro und Mattia Pasini wurde WM-Leader Marco Simoncelli Sechster.

Die Top Ten komplettierten Ratthapark Wilairot, Roberto Locatelli, Julian Simon und Fabrizio Lai. Thomas Lüthi belegte im ersten Training nach seiner Verletzungspause den 13. Rang. Der Schweizer war in Indianapolis im Training schwer gestürzt und hatte sich an der Hand verletzt. Deswegen musste er zwei Mal operiert werden und verpasste die Wochenenden in Motegi und auf Phillip Island.