Viel Arbeit war für die Teams der MotoGP angesagt, als es am Samstagnachmittag in Mugello ins Qualifying ging. Denn es war die erste komplett trockene Session des Wochenendes und es galt, an den Renn-Setups zu arbeiten, da es am Sonntag trocken werden soll. Dementsprechend hektisch ging es auch zu und dementsprechend intensiv wurde an den Boxen über die möglichen Änderungen an der Maschine gesprochen.

Irgendwann war es aber natürlich auch an der Zeit, die Qualifyier aufzuziehen, denn neben einem guten Setup wollten Fahrer und Teams am Sonntag doch auch gerne einen guten Startplatz haben. Den ersten Versuch wagte Colin Edwards, der schon vor Session-Halbzeit einen Qualifikations-Reifen aufgezogen hatte und damit klar in Führung ging. Lange sah es auch so aus, als würde sich der Texaner vorne behaupten können. Doch Valentino Rossi drehte rund 15 Minuten vor Ende auf und überflügelte den Texaner.

Rossi konnte später noch zulegen und fuhr souverän zur Pole Position - mit neuem Pole-Rekord. Doch nicht nur das dürfte den Italiener zufrieden gestellt haben, sondern auch, dass er vor seinen Runden auf Qualifyiern eine Serie von konstant schnellen Runden auf Rennreifen hingelegt hatte, womit auch die Arbeit am Renn-Setup Früchte getragen zu haben schien. In den letzten Sekunden des Qualifyings drängte sich noch Dani Pedrosa auf Platz zwei hinter Rossi - rund eineinhalb Zehntel fehlten dem Spanier. Loris Capirossi setzte seine gute Leistung des bisherigen Wochenendes fort und kam auf Startplatz drei.

Für Casey Stoner blieb nur die zweite Startreihe, doch der Australier schien die meiste Zeit der Session mit der Abstimmung zu kämpfen und sich weniger um den Startplatz zu sorgen. Edwards landete schließlich auf Position fünf und auf Rang sechs wird Nicky Hayden in das Rennen am Sonntag starten. Reihe drei bilden Jorge Lorenzo, James Toseland und Shinya Nakano. Alex de Angelis, Chris Vermeulen und Randy de Puniet stehen eine Reihe weiter dahinter. De Puniet hätte weiter vorne starten können, doch bevor er seinen letzten Run beginnen wollte, schien es ein Problem mit seiner Hinterbremse zu geben und er verlor Zeit.

Für Kawasaki war das Qualifying nicht sehr erfolgreich. John Hopkins kam lediglich auf Rang 14, Anthony West wurde 19. und Letzter. Gute Nachrichten gab es dafür für Hayden und Pedrosa, denn der 41-jährige Tady Okada steuerte die Maschine mit dem neuen Honda-Motor immerhin auf Startplatz 15, womit er vier Stammfahrer hinter sich ließ. Zudem hielt der Motor einwandfrei durch, nachdem es am Morgen Probleme gegeben hatte.