Zwei Stunden sind eine lange Zeit. Für die MotoGP-Piloten nach den ausgefallenen Sessions am Freitag vielleicht nicht lange genug, aber sie nutzten das verlängerte Training am Samstagmorgen, um ausgiebig Runden abzuspulen. An der Spitze des Feldes präsentierte sich dabei ein bekanntes Gesicht. Gegen Ende der Session kam Casey Stoner immer besser in Schuss und konnte seine Zeiten kontinuierlich nach unten schrauben, bis er wieder einmal mit deutlichem Vorsprung vor der Konkurrenz lag. Runde fünf Zehntel war er schließlich vor Valentino Rossi, der sich den zweiten Platz sichern konnte.

Der Lokalmatador bewies aber im Vergleich zu den letzten Rennen aufsteigende Form. So konnte er lange ein ähnliches Tempo wie Stoner fahren und lag zeitweise auch ganz vorne - nur am Schluss fehlte dann noch der entscheidende Fortschritt. Etwas überraschend auf Platz drei fand sich Anthony West ein. Dem Australier fehlten aber bereits knapp neun Zehntel auf die Bestzeit. Angesichts seiner Position innerhalb des Feldes dürfte er damit aber einigermaßen zufrieden gewesen sein. Carlos Checa, Colin Edwards und Chris Vermeulen waren die letzten Drei, die ihren Rückstand innerhalb von einer Sekunde halten konnten. Vor allem der Australier zeigte mit seiner Leistung ein weiteres Mal, dass auch im Trockenen immer mehr mit ihm zu rechnen ist.

Knapp über eine Sekunde verlor Randy de Puniet als Siebter. Der Franzose konnte damit die beiden Werks-Hondas von Nicky Hayden und Dani Pedrosa in Schach halten. Wieder nicht mit den Zeiten seines Teamkollegen mithalten konnte Loris Capirossi. Der Routinier verlor 1,35 Sekunden auf Stoner und belegte damit lediglich Platz zehn. Alex Hofmann war da bei der zweiten Session seines Comebacks nach der Handverletzung von Laguna Seca etwas näher an seinem Teamkollegen dran. Hofmann beendete die Session auf Platz 16, drei Plätze und sechs Zehntel hinter Alex Barros. Zwischen den beiden fanden sich noch Sylvain Guintoli und Marco Melandri. Melandri feierte während der Session ein Comeback. So war er kurz nach Beginn schwer gestürzt und musste in die Clinica Mobile, um sich untersuchen zu lassen. Es wurde allgemein angenommen, dass er erst im Qualifying wieder dabei sein könnte. Doch er kam früher zurück und drehte noch 14 weitere Runden.

Das Ergebnis des zweiten MotoGP-Trainings in Misano