In Abwesenheit von Marco Melandri machten sich die MotoGP-Piloten am Freitagnachmittag an das zweite Training in Brünn. Der Gresini-Pilot hatte nach dem ersten Training über fehlendes Gefühl im linken Arm geklagt und die Ärzte gingen davon aus, dass es sich um ein Nervenproblem im Nacken handelt. Deswegen befand sich der Italiener während der zweiten Session in der Clinica Mobile zur Behandlung. Und auch an der Spitze gab es Unerwartetes. Denn dort fand sich nicht Casey Stoner, sondern Sylvain Guintoli, der den schnellsten des Vormittags um zwei Zehntel hinter sich ließ.

Allerdings war Stoner während der Session lange in Führung gelegen und hatte konstant gute Zeiten gefahren. Guintoli lag bis zur Übernahme der Spitze aber lange in den Top Ten, kurz vor Ende sogar auf Platz zwei, bis er schließlich ganz nach vorne fuhr. Darüber, ob Guintoli einen Qualifying-Reifen ausprobiert hat, lässt sich momentan nur spekulieren. Für John Hopkins, den zweiten des Vormittags, blieb diesmal jedenfalls nur der dritte Rang. Dennoch hatte man bei Suzuki etwas zu feiern, denn zu Mittag wurde offiziell bekannt gegeben, dass Hauptsponsor Rizla ein weiteres Jahr beim Team bleiben wird.

Jenseits der Top Drei fand sich als erstes Loris Capirossi, der auch in der zweiten Session beweisen konnte, dass er an seinen letzten Wochenenden für Ducati nach wie vor voll motiviert ist. Hinter Randy de Puniet folgte Valentino Rossi, der seinen Abstand zu Stoner bis auf sechs Zehntel verkürzen konnte. Dem Italiener im Genick saßen wieder die beiden Repsol Hondas, diesmal auch wieder in der Reihenfolge Pedrosa vor Hayden. Hinter dem Weltmeister konnte auch der zweite Tech 3-Pilot, Makoto Tamada, als Neunter für eine kleine Überraschung sorgen - gegen Guintoli verblasste die Top Ten Platzierung allerdings ein wenig. Chris Vermeulen fand als letzter den Weg unter die ersten Zehn.

Am Kommandostand von D'Antin MotoGP musste Alex Hofmann dabei zusehen, wie sein Ersatzmann Ivan Silva diesmal den letzten Platz belegte. Dafür durfte man Hofmann auch kurz schmunzeln sehen, als Silva in einer akrobatischen Glanzleistung einen Highsider abfing. Hofmann schüttelte die gesunde Hand in einer Geste, die wohl ausdrücken sollte: "Das war knapp." Toni Elias, der anders als sein Teamkollege auch an der zweiten Session teilnehmen konnte, erreichte diesmal Rang 14.