Das spanische Publikum konnte ihrem 250er-Star nach dem zweiten Qualifying in bester Laune zujubeln, denn Jorge Lorenzo verbesserte den Pole Rekord am Samstag abermals um ein gehöriges Stück und sicherte sich damit souverän die Pole Position. Da konnte auch sein Intimfeind Hector Barbera nicht mithalten, der am Samstag nicht einmal seine Zeit vom Vortag verbesserte. Damit landete er neun Zehntel hinter Lorenzo auf Platz zwei. Dritter wurde Andrea Dovizioso; ebenfalls mit der Zeit vom Freitag.

Vierter wurde Alex Debon, der in Barcelona wieder einmal einen Wildcard-Einsatz von Aprilia bekommen hat. Mit dem letzten Platz in Reihe eins hat er diesen auch gerechtfertigt. Thomas Lüthi schrammte nur knapp an der ersten Startreihe vorbei. Dem Schweizer fehlten fünf Hundertstel auf Debons Zeit, was ihm aber immerhin den besten Platz in der zweiten Reihe einbrachte Dort wird der ehemalige 125er-Weltmeister mit Alex de Angelis, Alvaro Bautista und Mika Kallio stehen. Der KTM-Pilot musste sich im Qualifying allerdings ein bisschen ärgern, da er seine Maschine im Kiesbett abstellen und dann an der Box mit dem Ersatzgerät weiterfahren musste.

Dirk Heidolf konnte seinen 15. Platz vom Freitag nicht ganz halten, verbesserte sich im Vergleich zum Vormittag aber stark und wurde am Ende mit 2,8 Sekunden Rückstand 17. Damit hatte er auch seinen Teamkollegen Alex Baldolini im Griff, der auf Rang 19 kam. Für Heidolf sollten von dieser Ausgangsposition am Sonntag Punkte in Reichweite sein, denn auf Roberto Locatelli, der 15. wurde, fehlten ihm nur acht Hundertstelsekunden.