Es war zwar kein besonders warmer, aber ein trockener Samstagnachmittag in Mugello. Die Bedingungen waren also gut genug, um die Zeiten aus dem ersten Qualifying vom Freitag im zweiten Zeittraining noch zu verbessern.

Das nutzte vor allem Jorge Lorenzo der sich vom sechsten Platz auf die Pole Position nach vorne fuhr. Beinahe vier Zehntelsekunden hatte er Vorsprung auf den Rest des Feldes. Kann er das auch im Rennen umsetzen, dann werden ihn seine Konkurrenten wohl bald aus den Augen verlieren. Zusammen mit dem Spanier stehen am Sonntag noch Yuki Takahashi, Roberto Locatelli und Alex de Angelis in der ersten Startreihe. Überraschend weit abgeschlagen waren die KTM, deren schnellster Fahrer Hiroshi Aoyama nur von Startplatz elf in das Rennen gehen wird. Wildcard-Pilot Alex Debon, der am Freitag noch mit einem fünften Platz überraschte, landete am Ende auf dem zehnten Startplatz.

Franz Aschenbrenner konnte an seine Leistung aus dem Vormittagstraining anschließen und verkürzte seinen Abstand auf die Spitze weiter. Mit einem Rückstand von 5 Sekunden meisterte er bequem die 107-Prozent-Hürde und qualifizierte sich als 28.