Weil der Freitag in Mugello wegen des Regens nur wenig Zeit für Setup-Arbeiten bot, nutzten die MotoGP-Piloten am Samstag auch möglichst viel Zeit des Qualifying, um noch Einstellungen vorzunehmen. Die Qualifying-Reifen wurden erst in den letzten Minuten aufgezogen. Diese Minuten hatten es dafür dann auch in sich.
Die Zeiten fielen noch einmal deutlich und der Kampf um die Pole Position wurde eröffnet. Wieder einmal musste man erst die letzten Runden der Fahrer abwarten, bevor man sicher sein konnte, wer von welchem Platz starten wird.
Die Nase vorne hatte schließlich Sete Gibernau mit der Zeit von 1:48.969, was auch einen neuen Pole-Rekord bedeutete. Neun Hundertstel dahinter stellte sich Loris Capirossi auf Startplatz zwei. Er war außerdem die große Ausnahme im Feld, da er seine schnellste Runde bereits Mitte der Session gefahren hatte. Sollte er wirklich mit einem normalen Rennreifen so schnell gewesen sein, dann hätte er das perfekte Setup gefunden. Ein weiteres Zehntel hinter Capirossi fuhr Valentino Rossi auf den dritten und letzten Platz in der ersten Startreihe. In der zweiten Reihe stehen Nicky Hayden, Shinya Nakano und Marco Melandri
Vier Reihen weiter hinten wird sich morgen Alex Hofmann wieder finden. Der Deutsche fuhr die 18. Qualifikationszeit und konnte nur seinen Teamkollegen Jose Luis Cardoso hinter sich lassen, der alleine aus der siebenten Reihe starten wird
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