Anders als beim ersten Qualifying am Freitag spielte das Wetter am Samstag in Mugello mit, und dadurch konnte das zweite Qualifikationstraining bei guten Bedingungen ausgetragen werden. Das bedeutete aber auch, dass die Ergebnisse des Freitags teilweise bereits in der Einführungsrunde verbessert wurden. Das war vor allem für den jungen KTM-Piloten Michael Ranseder schade, da er sich beim verregneten ersten Qualifying auf den neunten Platz gefahren hatte. Im Trockenen reichte es für den Österreicher dann nur mehr für den 25 Platz in der Startaufstellung.

Den Kampf um die Pole Position entschied Lukas Pesek für sich. Mit einer Zeit von 1:58.202 hatte er einen Vorsprung von 13 Hundertstelsekunden auf Mattia Pasini, der sich den zweiten Startplatz holte. Hector Faubel und Fabrizio Lai komplettieren die erste Startreihe.

Thomas Lüthi konnte sich im Vergleich zu den vorangegangenen Trainings nicht wirklich verbessern und wird am Sonntag von Platz 14 ins Rennen gehen. Sein Teamkollege Sandro Cortese hatte ein gutes Qualifying und wird von Position zehn starten. Michael Ranseders KTM-Junior-Partner Stefan Bradl qualifizierte sich auf Platz 23.