Pedro Acosta steht in Motegi erstmals in der MotoGP auf der Pole Position! Der GasGas-Pilot ist damit der drittjüngste Polesitter der Klasse nach Fabio Quartararo und Marc Marquez. Letzterer war es auch, der ursprünglich auf Kurs Richtung Pole Position war. Doch seine schnellste Rundenzeit wurde korrekterweise aufgrund eines Track-Limit-Vergehens gestrichen. Er steht somit nur auf Startplatz neun. Francesco Bagnaia qualifiziert sich als Zweiter, Jorge Martin nach einem Sturz nur auf P11.

So lief Q1 in Motegi: Die 13 Fahrer in Q1 kommen bereits in ihren ersten Runden mächtig unter Druck. Auf die nach Regen in der Nacht zwischenzeitlich getrocknete Strecke fallen zum Start der Session erneut einige Tropfen, eine gute Rundenzeit im ersten Run kann also entscheidend sein. Jack Miller setzt sich vor Raul Fernandez an die Spitze, dahinter klassieren sich Johann Zarco und Aleix Espargaro.

Der Nieselregen nimmt aber vorerst nicht zu und so geht das Feld auch nach dem Boxenstopp mit Slicks auf die Strecke. Franco Morbidelli zeigt, dass unter diesen Bedingungen weiterhin Verbesserungen möglich sind und katapultiert sich von Platz neun aus in Führung, Fabio Quartararo nimmt Rang zwei ein. An diesem Stand ändert sich nichts mehr, Morbidelli und Quartararo steigen in Q2 auf.

Raul Fernandez beendet Q1 als Dritter und steht somit auf Startplatz 13, Jack Miller und Aleix Espargaro positionieren sich neben ihm. Reihe sechs bilden Johann Zarco, Joan Mir und Augusto Fernandez. Die Startpositionen 19 bis 21 gehen an Alex Rins, Luca Marini und Takaaki Nakagami. Am Ende des Feldes stehen Trackhouse-Ersatzmann Lorenzo Savadori und Yamaha-Wildcard Remy Gardner.

Das war Q2 zum Japan-GP: Mit dem Damoklesschwert des möglicherweise stärker werdenden Niederschlags haben es die Piloten auch im Q2 eilig und beziehen schon vor dem grünen Ampelsignal Aufstellung an der Boxenausfahrt. Die erste Runde gleicht einem Rennen, Marc Marquez bremst sich an Francesco Bagnaia vorbei, der das Feld ursprünglich angeführt hatte.

Marquez' Strategie geht auf, er ist im ersten gezeiteten Umlauf schnellster Mann auf der Strecke. Hinter ihm reihen sich der mit Erfahrung aus Q1 ausgestattete Morbidelli, Brad Binder und Jorge Martin ein. Bagnaia kommt über P12 nicht hinaus. In der folgenden Runde kann Marquez trotz eines heftigen Wacklers noch einmal mächtig nachlegen. Pedro Acosta liegt als Zweiter 0,282 Sekunden zurück, Martin verliert als Dritter bereits über sieben Zehntel. Binder ist Vierter. Bagnaia bricht seinen Run ab und fordert in der Box einen neuen Hinterreifen. Eine Runde später kommt auch Marc Marquez an die Box, einige Fahrer bleiben aber noch auf der Strecke und drücken die Bestzeit weiter nach unten. Acosta setzt sich vor Bastianini und Bezzecchi an die Spitze.

Im finalen Showdown setzt Bagnaia mit seinem neuen Hinterreifen das erste Ausrufezeichen und fährt trotz eines mächtigen Rutschers auf Platz zwei hinter Acosta nach vorne. Bagnaia kann sich im nächsten Umlauf sogar die Führung sichern, doch diese hat nur wenige Sekunden Bestand, denn Marc Marquez bringt mit einer neuen Rekordrunde noch einmal fast vier Zehntelsekunden zwischen sich und Bagnaia. Acosta verdrängt Bagnaia sogar noch auf Rang drei - denkt die gesamte MotoGP. Doch mit einigen Minuten Verspätung wird Marc Marquez' schnellste Runde aufgrund eines Track-Limit-Vergehens in Turn 4 gestrichen.

Pedro Acosta steht damit erstmals in der MotoGP auf Pole Position, Bagnaia und Maverick Vinales komplettieren die erste Startreihe. Enea Bastianini, Binder und Morbidelli bilden Reihe zwei. Die Startplätze sieben und acht gehen an das VR46-Duo Fabio Di Giannantonio und Marco Bezzecchi, Marc Marquez steht aufgrund der gestrichenen Runde nur auf P9. Alex Marquez holt P10. Einen Rückschlag muss Jorge Martin hinnehmen, der kurz vor Ende der Session in Kurve neun stürzt und muss sich somit mit Startplatz elf begnügen muss. P12 geht an Quartararo.