Das dritte Training der MotoGP in Estoril war ein Tanz auf der Rasierklinge. Für Regenreifen war es beinahe zu trocken, für Slicks war es aber noch zu nasse. Also zerstörten jene Piloten, die von Beginn an auf die Strecke gingen, ein paar ihrer Regenreifen, um zumindest zu erkennen, was zu tun wäre, sollten am Rennsonntag ähnliche Bedingungen vorherrschen. Am Ende konnte man dann sogar Fahrten mit Slicks riskieren. Alvaro Bautista verzichtete aufgrund der Umstände gleich ganz darauf, Runden zu drehen.

Am Schluss erwies sich der Slick als bessere Wahl und der brachte auch die Bestzeit. Überraschenderweise ging die mit 1:44.515 Minuten an Loris Capirossi, der als einer der Ersten auf die profillosen Reifen gesetzt und damit das beste Gefühl erarbeitet hatte. Rund eine halbe Sekunde hinter dem Italiener kam Jorge Lorenzo auf Platz zwei und Nicky Hayden erreichte mit bereits 1,440 Sekunden Rückstand den dritten Rang.

Die Abstände in der Session waren dank der Bedingungen ohnehin ungewöhnlich groß. Valentino Rossi lag als Vierter bereits rund zwei Sekunden zurück, Casey Stoner fehlten als Fünftem schon 3,161 Sekunden auf Capirossis Bestzeit. Dementsprechend wenig aussagekräftig war das Training auch für die Kräfteverhältnisse. In den Top-10 der eher nebensächlichen Reihung fanden sich noch Andrea Dovizioso, Dani Pedrosa, Toni Elias, Marco Simoncelli und Randy de Puniet.

Karel Abraham und Colin Edwards belegten die Plätze elf und zwölf, Ben Spies, Hector Barbera, Hiroshi Aoyama und Cal Crutchlow waren alle außerhalb der 107-Prozent-Hürde, hatten aber auch nicht wirklich viel probiert. Nach ein paar Runden auf Regenreifen war für sie Schluss und sie riskierten es nicht, bei den Bedingungen möglicherweise noch ungemütlich im Kies zu landen.