Mangels Finanzierung segnete das Arrows Team Anfang der 2000er Jahre das Zeitliche. Der Zusammenbruch des Formel-1-Teams im Jahr 2002 riss auch die TWR Gruppe mit ins Verderben, die die 30 Millionen Schulden von Arrows übernehmen musste. Walkinshaw blieb dem Motorsport aber bei den V8 Supercars in Australien verbunden.
Walkinshaw wechselte zum zweiten Briatore-Team Ligier, wo er sich 1996 mit dem Italiener zerstritt und sich stattdessen bei Arrows einkaufte. Dort gewann Damon Hill 1997 beinahe in einem Arrows einen Grand Prix.
In der Formel 1 war Walkinshaw bei Benetton, Ligier und Arrows involviert. Bei Benetton füllte er die Rolle des Engineering Director aus - in dieser Funktion gewann er gemeinsam mit Michael Schumacher 1994 den Formel-1-Weltmeistertitel. In dieser Zeit gab es allerdings auch viele Kontroversen um das Team, die neben Teamchef Flavio Briatore auch Walkinshaw angelastet wurden.
Zwei Jahre später gründete er TWR - Tom Walkinshaw Racing. Das Unternehmen stellte Automobilherstellern das Know-how zur Verfügung, um Motorsportprojekte für sie durchzuführen. 1980 folgte der Meistertitel in der britischen Tourenwagenmeisterschaft. 1988 und 1990 gewann TWR mit Jaguar die 24 Stunden von Le Mans. Gemeinsam holte man auch drei Sportwagen-WM-Titel. In den 90ern siegte auch ein TWR Porsche an der Saarthe.
Seine aktive Rennfahrerlaufbahn begann Walkinshaw in der Formel Ford. 1969 gewann er die schottische Meisterschaft. Danach versuchte er sich in der Formel 3, wo ihm allerdings das Geld ausging. Seine Rettung war ein Wechsel zu den Tourenwagen, wo er 1974 seine Klasse in der BTCC gewann.
Der ehemalige Teambesitzer und Rennfahrer Tom Walkinshaw verstarb im Alter von 64 Jahren an einem Krebsleiden.
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