Das Warm-up der MotoGP auf Phillip Island brachte eine kleine Überraschung an der Spitze. Mit einer Rundenzeit von 1:30.807 lag Alex de Angelis an der Spitze und hatte Polesetter Casey Stoner um rund eine Zehntelsekunde auf Platz zwei verwiesen. Stoner machte dafür mit seiner Spezial-Lackierung auf sich aufmerksam, die sich vor allem an der australischen Flagge orientiert. Auf den Plätzen drei und vier lagen die WM-Kontrahenten Valentino Rossi und Jorge Lorenzo, wobei Lorenzo seinem Teamkollegen näher war als in allen Sessions des bisherigen Wochenendes.

Lediglich rund eineinhalb Zehntelsekunden trennten die beiden Yamaha-Fahrer. Dani Pedrosa belegte Rang fünf und dahinter folgten noch Randy de Puniet, Colin Edwards, Toni Elias, Nicky Hayden und Andrea Dovizioso in den Top Ten. Die letzten sechs Position im Feld gingen in aufsteigender Reihenfolge an James Toseland, Mika Kallio, Marco Melandri, Chris Vermeulen, Loris Capirossi und Gabor Talmacsi.