Es war mit Spannung erwartet worden und enttäuschte nicht, das Comeback von Casey Stoner. Der Australier konnte nach drei Rennen Auszeit im ersten Training von Estoril zeigen, dass sein Speed während seiner Abwesenheit kaum gelitten hat. Zwar war er erwartungsgemäß nicht der Allerschnellste, aber er konnte auf seinen kurzen Runs gleich wieder in die Phalanx der der Top Vier hinein fahren und sich zwischen Jorge Lorenzo, Dani Pedrosa und Valentino Rossi mischen. Zudem wirkte er nicht besonders erschöpft, war also in weit besserer Verfassung als vor der Pause. Die Nase vorne hatte am Ende der Session aber Lorenzo.

Der Spanier hatte für seinen schnellsten Umlauf 1:37.185 Minuten gebraucht und sorgte nicht nur mit seiner Zeit für Aufmerksamkeit. Der Spanier hatte neben der Fiat-Sonderkombi auch eine besondere Helmlackierung dabei. Damit sieht er aus wie ein Astronaut und will das Jubiläum der Mondlandung feiern, die sich dieses Jahr zum 40. Mal gejährt hat. Den zweiten Platz holte sich Pedrosa, der etwas mehr als dreieinhalb Zehntelsekunden auf die Bestzeit eingebüßt hatte. Rossi kam mit rund vier Zehnteln Rückstand auf Position drei und dahinter folgte Stoner, der sich da und dort bereits wieder knapp ans Limit herangetastet hatte - unter anderem in Kurve eins, wo er wie einige andere auch einmal Richtung Auslaufzone fuhr.

Rund acht Zehntel fehlten Stoner am Schluss seiner Comeback-Session auf die Spitze, rund eineinhalb Zehntelsekunden lag er vor Colin Edwards, der wieder einmal bester Satelliten-Fahrer war. Außerdem war er der Letzte, der innerhalb von einer Sekunde hinter Lorenzo lag. Den Rest der Top Ten füllten Andrea Dovizioso, Randy de Puniet, James Toseland, Alex de Angelis und Mika Kallio aus. Nicky Hayden, Loris Capirossi, Niccolo Canepa, Gabor Talmacsi und Toni Elias fanden sich noch in den Top 15. Chris Vermeulen und Marco Melandri landeten auf den letzten beiden Plätzen.