Das Qualifying in Laguna Seca sollte eine aufregende Zeitenjagd werden und es sah auch danach aus, als ob die großen Drei der bisherigen Saison sich ein weiteres Match liefern würden. Stattdessen wurde es aber eine Sturzorgie von zwei der drei Spitzenfahrer. So holte Jorge Lorenzo am Ende zwar die Pole, war kurz vor Schluss aber mit einem heftigen Highsider von der Strecke geflogen und schien sich am Bein und der Schulter verletzt zu haben - schon davor war der Spanier einmal abgeflogen.
Casey Stoner landete auf Startplatz drei, hatte aber fast zeitgleich mit Lorenzo einen heftigen Highsider und wirkte ebenfalls schwer angeschlagen. Während Lorenzo mit einer Trage abtransportiert werden musste, kam Stoner nach einer Fahrt in einem Golfwagen immerhin auf eigenen Beinen ins Medical Centre und es hieß nach ersten Auskünften, er sei soweit in Ordnung. Lorenzo wurde mit Krankenwagen angeliefert. Bei seiner Ankunft wirkte der Spanier recht geknickt und auch verärgert über sich selbst.
Valentino Rossi stürzte nicht und konnte die Session bis zum Ende nutzen, was ihn noch auf Startplatz zwei brachte. Die erste Reihe gehört damit den Top Drei, ob auch alle im Rennen starten können, ist allerdings noch fraglich. Außerhalb der drei Außerirdischen landeten drei Hondas in der zweiten Startreihe. Dani Pedrosa, Andrea Dovizioso und Toni Elias waren alle rund viereinhalb Zehntelsekunden hinter Lorenzo Bestzeit geblieben und damit in Reihe zwei gelandet.
In die dritte Reihe fuhren sich die Laguna-Seca-Spezialisten Colin Edwards, Nicky Hayden und Chris Vermeulen. Loris Capirossi, Marco Melandri und Alex de Angelis konnten sich in Reihe vier stellen. Vor allem Capirossi wird zufrieden sein, denn er hatte an diesem Wochenende bislang einige Probleme, die er anscheinend einigermaßen in den Griff bekommen konnte. Sete Gibernau, der auf Rang 13 landete, hatte während des Qualifyings seine eigenen Schwierigkeiten und kämpfte immer wieder mit einer sehr unruhigen Maschine. James Toseland, der hinter Randy de Puniet auf 15 landete, musste einmal durch den Kies, blieb von einem Sturz aber verschont.
Das Ende des Feldes bildeten wieder Niccolo Canepa und Gabor Talmasci. Diesmal war Canepa der Schnellere der beiden. Allerdings hatte der Italiener ebenfalls einen Sturz. Der war kurz nach Beginn passiert und er konnte seine Session danach mit seiner verbleibenden Maschine fortsetzen. Fünf Zehntel hatte er am Ende Vorsprung auf den Ungarn hinter sich.
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