Das MotoGP-Qualifying in Valencia hatte einen recht ungewöhnlichen Rhythmus. Da ständig der Regen drohte und zwischendurch sogar einmal ein paar Tropfen vom Himmel kamen, versuchten die Fahrer mindestens zwei Mal vorzeitig eine schnelle Runde rein zu quetschen, nur um auf der sicheren Seite zu sein. Letztendlich blieb es dann aber doch trocken und damit war es erst wieder der Schlussspurt, in dem die letzte Startaufstellung der MotoGP-Saison bestimmt wurde. Weil sich davor aber alle zu einem Schnellschuss hinreißen hatten lassen, hatten viele Piloten nur mehr einen oder maximal zwei Qualifyier zur Verfügung. Da am Ende aber am meisten Gummi auf der Strecke war, mussten alle hoffen, dass auf den letzten Runden nichts mehr dazwischenkommt.

Am Ende konnte Casey Stoner zum Saison-Abschluss noch einmal die Pole Position holen und damit noch einmal zeigen, warum er dieses Jahr den BMW M Award gewonnen hat. 1:31.502 hatte der Australier für seine schnellste Runde gebraucht. 53 Tausendstel dahinter wurde Lokalmatador Dani Pedrosa Zweiter und vereitelte damit Nicky Haydens vorhaben, seinen Noch-Teamkollegen hinter sich zu lassen. Der Amerikaner wurde Dritter und wird nun am Sonntag probieren, seinem Teamkollegen das "Abschiedsgeschenk" zukommen zu lassen. Reihe zwei werden am Sonntag Colin Edwards, James Toseland und Randy de Puniet - der sich einmal in den Kies legte - besetzen, womit die Tech 3 Mannschaft das Yamaha-Werksteam klar hinter sich ließ.

Jorge Lorenzo musste sich mit Rang sieben begnügen, Rossi wurde sogar nur Zehnter, da er am Ende keine freie Runde fand, sondern hinter Sylvain Guintoli feststeckte und dadurch keine Steigerung schaffte. Vor ihn hatten sich noch Loris Capirossi und Andrea Dovizioso gefahren. Gemeinsam mit Rossi aus Reihe vier werden Toni Elias und Chris Vermeulen starten. Kein besonders gutes Qualifying erwischten Marco Melandri und Shinya Nakano. Beide fanden sich zwischendurch einmal im Kiesbett wieder und mussten am Ende mit den Plätzen 15 (Nakano) und 18 (Melandri) Vorlieb nehmen. Am Morgen war Melandri noch Dritter gewesen.