Nach seiner starken Vorstellung im Qualifying konnte Dani Pedrosa auch am Sonntagmorgen in Sepang ein Ausrufezeichen setzen. Der Spanier lag im Warm-up rund fünf Zehntelsekunden vor seinem nächsten Verfolger Shinya Nakano. Knapp dahinter wurde Valentino Rossi Dritter. Dem Italiener folgten Andrea Dovizioso, Jorge Lorenzo und Casey Stoner in die Top Sechs.

Die weiteren Platzierungen in den Top Ten füllten Nicky Hayden, James Toseland, Colin Edwards und Randy de Puniet aus. Weder die Suzukis noch die Kawasakis hatten es unter die besten Zehn geschafft, wobei John Hopkins, Loris Capirossi und Chris Vermeulen auf elf, zwölf 13 in Lauerstellung waren. Alex de Angelis und Toni Elias fuhren auf 14 und 15 und das Ende des Feldes bildeten Sylvain Guintoli, Anthony West, Marco Melandri und Nobuatsu Aoki.