Es kam wie es kommen musste. Gerade rechtzeitig zum zweiten Qualifying der 125er-Klasse in Mugello entlud sich ein Gewitter über der Strecke und die Fahrer durften wie schon am Freitag bei äußerst ungemütlichen Bedingungen versuchen, ihre Startpositionen noch zu verbessern. Bis das gelang, war es aber ein langwieriger Prozess, denn die Strecke wies lange einen recht hohen Wasserstand in einige Bereichen auf, weswegen ein halbwegs sicheres Pushen nicht so einfach war.

Zur Mitte der Session schafften es dann aber einige, sich nach vorne zu arbeiten. So verbesserte sich Mattia Pasini auf Rang vier und Bradley Smith konnte sich auf den fünften Platz fahren. Auch Robert Muresan, Dino Lombardi, Michael Ranseder und Simone Corsi steigerten ihre Zeiten im Vergleich zum Freitag. Das brachte sie zunächst hinter Gabor Talmacsi auf die Plätze sieben, acht, neun und zehn. An der Spitze blieb aber alles unverändert, Hector Faubel behauptete sich vor Mike di Meglio und beide mussten ihre Zeiten vom Freitag gar nicht verbessern.

Das war alleine schon deswegen nicht nötig, da gerade als die anderen Fahrer ihnen gefährlich wurden, der Regen wieder anzog und jede Möglichkeit auf eine weitere Verbesserung zunichte zu machen schien. Nur im hinteren Teil des Feldes gab es noch vereinzelte Steigerungen von Fahrern, die zuvor noch nicht sehr schnell gewesen waren. Die Jagd auf eine mögliche Bestzeit war allerdings in den letzten Minuten des Trainings eher eine philosophische, da auf der Strecke nichts mehr möglich schien. Ein paar Steigerungen gelangen dann aber doch - denn der Regen ließ auch wieder nach. So kam Gabor Talmacsi noch auf den dritten Platz nach vorne und Dino Lombardi wurde Vierter. Tomoyoshi Koyama schaffte es mit einer letzten Anstrengung noch auf Rang fünf vor Raffaele de Rosa, Andrea Iannone und Lukas Pesek, dem seine Zeit vom Freitag nur auf Rang acht verhalf.

Mattia Pasini wurde in den letzten Sekunden der Session auf Rang neun zurückgereicht, aber vielleicht ist es dem Italiener auch lieber, einmal etwas weiter hinten zu starten. Möglicherweise hält seine Maschine dann ja. Die deutschsprachigen Piloten konnten von dem Wetterchaos nicht profitieren. Sandro Cortese fand sich am Ende auf Rang 15 wieder und Michael Ranseder fiel noch auf den 16. Platz zurück. Randy Krummenacher schaffte Platz 19 und auch Dominique Aegerter rettete sich als 24. in die 107-Prozent-Hürde. Zusammen mit KTM-Pilot Steve Bonsey und sechs weiteren Fahrern scheiterte Tobias Siegert aber daran.