Es war eine war ein echtes Glückspiel im Qualifying der MotoGP in Mugello. Kurz nach Beginn der Session hörte der Regen auf und die Strecke begann zu trocknen. Der Regen drohte aber nach wie vor, da sich noch zahlreiche Wolken im Himmel über der Toskana versammelt hatten. Deswegen wurde das Timing zur entscheidenden Angelegenheit. Denn wer zur richtigen Zeit seine schnelle Runde fuhr, der hatte gute Chancen ganz vorne zu stehen.

Also rückten gleich einmal alle Piloten aus und versuchten, schnell gute Zeiten zu erzielen. Wenig überraschend zeigten sich Chris Vermeulen und Marco Melandri vorne, aber auch Casey Stoner mischte ganz vorne mit. Schließlich kam dann sogar noch die Sonne heraus und es trocknete weiter auf. Das nutzte Stoner, um sich mit einigem Vorsprung an die Spitze zu setzen - vor Vermeulen und Melandri. Kurz danach zeigte sich wieder der Regen und die ersten trockenen Stellen waren schnell nass, Stoner hatte in Lächeln auf dem Gesicht und Michelin musste einsehen, dass bei feuchten Bedingungen momentan gegen Bridgestone kein Kraut gewachsen ist.

Denn Valentino Rossi war bis dahin als Achter der schnellste Michelin-Pilot und hatte 3,2 Sekunden Rückstand auf Stoner. Vor ihm war alles japanisch bereift. Doch das Qualifying war noch nicht zu Ende, denn bald kam wieder die Sonne heraus und es begann abermals, trocken zu werden. Je trockener die Strecke wurde, desto weiter wanderten Stoners Mundwinkel nach unten, denn die Zeiten wurden seiner wieder gefährlich. So stieß Rossi noch bis auf Rang drei nach vorne, aber Stoner konnte am Ende doch aufatmen, da das Qualifying rechtzeitig endete, bevor es richtig trocken wurde. Zwischen den beiden WM-Kontrahenten wird Chris Vermeulen in der ersten Reihe stehen. Olivier Jacque schwindelte sich in letzter Sekunde noch auf Platz vier direkt vor Loris Capirossi und Marco Melandri.

In Reihe drei fuhren sich Randy de Puniet, Dani Pedrosa und John Hopkins. Nimmt man noch Alex Barros als Zehnten dazu, dann war das Qualifying eine weitere Niederlage für Michelin. Nur Pedrosa und Rossi schafften es unter die besten Zehn, während acht Piloten auf Bridgestone vorne stehen. Auch Alex Hofmann brachte sich in eine gute Ausgangsposition für Sonntag. Der Deutsche holte sich Startplatz elf und lag damit zwei Plätze vor Nicky Hayden und sogar fünf vor Colin Edwards. Der Amerikaner kam wieder überhaupt nicht zurecht und wurde nur 16. Hinter ihm lagen nur noch Sylvain Guintoli, Kenny und Kurtis Roberts und Makotó Tamada, der sogar die 107-Prozent-Hürde verpasste und nur mit einer Genehmigung des Rennleiters würde starten dürfen.