Samstag war wirklich ein Tag der Entscheidung bei den 125ern, da der Regen es vorzog von der Rennstrecke in Motegi fern zu bleiben und damit ein zweites Qualifying möglich zu machen. Damit durften wieder alle jene hoffen, die am Freitag nicht auf ihre Wunschposition gekommen waren, auf der anderen Seite mussten all jene bangen, die sich durch den Freitag in einer zu vorteilhaften Position gefühlt hatten.

Am Ende von Hoffen und Bangen war es dann wieder einmal Alvaro Bautista, der sich über den Platz an der Sonne, also die Pole Position, freuen durfte. In seinem Nacken bangte sich KTM-Pilot Mika Kallio auf Startplatz zwei und nahm auch noch Hector Faubel und seinen KTM-Teamkollegen Julian Simon mit in die erste Startreihe. Reihe zwei bildeten Sergio Gadea, Lukas Pesek, Mattia Pasini und Thomas Lüthi.

Das nach wie vor dezimierte deutsche Fahrerfeld, bestehend aus Sandro Cortese, erlebte einen guten Nachmittag. Der Teamkollege von Thomas Lüthi erreichte Startplatz 14 und ist damit in Reichweite der Punkte. Die personentechnisch gleich starke Österreich-Fraktion schnitt zeitentechnisch nicht ganz so gut ab. Michael Ranseder stellte seine KTM auf die 28. Startposition.

In der freien Vormittagssession hatte sich noch Kallio die Bestzeit vor Bautista, Gadea und Faubel geschnappt. Thomas Lüthi kam am Morgen auf einen starken fünften Platz. Sandro Cortese erreichte Rang 20 und Michael Ranseders Zeit reihte ihn auf Platz 25 ein.