Casey Stoner tat im MotoGP-Warm-Up auf Phillip Island das Erwartete und holte sich in 1:31.261 Minuten die Bestzeit. Der Australier hatte allerdings nicht so großen Vorsprung wie in den Sessions zuvor. Jorge Lorenzo kam bis auf fünf Hundertstelsekunden an ihn heran, der Spanier hatte am Ende des Aufwärm-Trainings aber auch einen unschönen Sturz, nach dem er einige Probleme mit seiner linken Hand zu haben schien. Deswegen stattete er auch dem Medical Center einen Besuch ab.

Platz drei ging an Dani Pedrosa und mit dem vierten Rang konnte Valentino Rossi überraschen. Nach vielen Problemen in den Trainings und im Qualifying war er etwas weniger als eine Sekunde langsamer als Stoner und damit so weit vorne wie das ganze Wochenende nicht. Dem Italiener folgten Marco Simoncelli, Nicky Hayden, Randy de Puniet, Alvaro Bautista, Andrea Dovizioso und Hiroshi Aoyama in den Top-10.

Die besten Zehn verpasst hatte unter anderem Yamaha-Werksfahrer Ben Spies, der hinter Markenkollege Colin Edwards Elfter wurde. Cal Crutchlow, Loris Capirossi, Karel Abraham und Toni Elias bildeten das Ende des Feldes. Nicht wirklich gefahren war Hector Barberas Ersatzfahrer Damian Cudlin. Er hatte sich bei einem Sturz am Samstagmorgen recht unangenehm an der Hüfte verletzt und entschied nach einem kurzen Versuch, nicht weiter mitzufahren.