Im zweiten Qualifying der Superbike in Assen konnte Troy Corser für BMW die erste provisorische Pole einfahren und vor der Superpole noch Selbstvertrauen tanken. Der Australier hatte sich in 1:35.621 Minuten einigermaßen deutlich vom Feld abgesetzt und rund drei Zehntelsekunden Vorsprung gehabt. Erster Verfolger des BMW-Piloten war der Schnellste des ersten Qualifyings vom Freitag, Ducati-Privatier Jakub Smrz. Der Tscheche zeigte damit, dass sein guter Auftritt vom Vortag kein Zufall war, auch Corser bestätigte mit der Bestzeit seine gute Vorstellung vom Freitag.

Der dritte Rang nach Ende des zweiten Qualifiyings ging an Ten Kate Honda Pilot Jonathean Rea, der rund sechs Zehntel auf Corsers Zeit eingebüßt hatte. Carlos Checa belegte den vierten Platz. Eine Verbesserung im Vergleich zum Freitag erlebte Noriyuki Haga. Hinter Leon Camier und WM-Leader Leon Haslam, der seine Zeit vom Freitag als einziger nicht verbesserte, konnte sich der Ducati-Werksfahrer auf den siebten Rang nach vorne schieben, im ersten Qualifying war er noch auf Rang 14 gelandet. Shane Byrne, Cal Crutchlow und Hagas Teamkollege Michel Fabrizio rundeten die Top Ten ab.

Auf Rang elf fand sich Lorenzo Lanzi, ihm folgte Sylvain Guintoli auf dem zwölften Platz. Für Max Neukirchner gab es den 13. Rang, rund 1,2 Sekunden hatte er auf die Bestzeit verloren. Ruben Xaus, Luca Scassa und Max Biaggi kamen in die Top 16. Für Biaggi lief es damit auch im zweiten Qualifying noch nicht rund. Die letzten vier Positionen in der Superpole holten sich James Toseland, Tom Sykes, Chris Vermeulen und Broc Parkes. Die beiden Kawasaki-Piloten Matteo Baiocco und Roger Lee Hayden belegten die Ränge 21 und 22.